18 сентября 1888 г. новая церковь была освящена. Церковь была снабжена великолепными иконами, ценной церковной утварью и колоколами. В 1889 г в Малых Кармакулах был учрежден Николо-Карельским монастырем, с разрешения Святого Синода, монашеский скит. В задачу монахов входило не только проповедание среди ненцев, но и помощь в изменении сложившегося быта при переходе от кочевой к оседлой жизни. Многолетняя деятельность отца Ионы дала свои плоды. Колонисты ненцы охотно посещали храм, а их дети читали и пели в церкви во время богослужений.

В июле 1889 г. шхуна "Бакан" под начальством капитана 2-го ранга П.Иванова проводит гидрографические исследования от Малых Кармакул до Маточкина Шара. В 1893 г. русские промышленники Яков Запасов и Василий Кириллов с семьями переселились из устья Печоры на Новую Землю для постоянного проживания. В 1893-1896 гг. выполнялись гидрографические работы офицерами крейсеров "Наездник", "Вестник", "Джигит", "Самоед" В них приняли активное участие М.Е. Жданко и А.М.Бухтеев.

К 1894 г. постоянное население Новой Земли составляло 10 семей ненцев в количестве 50 человек. В этом году Новую Землю посетил архангельский губернатор А.П. Энгельгард, который на пароходе "Ломоносов" привез еще 8 семейств в числе 37 человек, выразивших желание поселиться на архипелаге. На судне был доставлен в разобранном виде шестикомнатный дом для школы и проживания отца Ионы и псаломщика. Дом этот собрали в Малых Кармакулах. Еще один дом был привезен для становища в Маточкином Шаре. Итак, в Малых Кармакулах в 1894 г. стояло здание церкви, школа, два дома, в которых жили ненцы, здание в котором жил фельдшер и находился склад припасов, амбар, где хранились запасные строительные материалы, а зимой - спасательный бог. В Маточкином Шаре стояли три небольших дома, в которых жили ненцы.

В 1895 г. под руководством Ф.Н.Чернышева проводились геологические исследования на Южном острове. Это была не только первая научная экспедиция, которая в летний сезон пересекла остров (от Малых Кармакул до бухты Голицына), но и провела при этом непрерывные топографические работы. Российская Академия наук направила на Новую Землю экспедицию под руководством известного физика Б.Б.Голицына для наблюдения полного солнечного затмения 9 августа 1896 г. Ее доставил транспорт "Самоед". В июле этого же года в Малых Кармакулах была открыта метеорологическая станция.