5 сентября 1960, действуя при поддержке стран Запада, президент Ж.Касавубу отстранил от власти П.Лумумбу и назначил нового премьер-министра, который не получил поддержки большинства парламентариев. Это еще больше обострило ситуацию, и неделю спустя начальник штаба конголезской армии полковник Жозеф Мобуту заявил, что «нейтрализует» всех политиков и берет власть в свои руки.

Когда появились признаки того, что режим Мобуту укрепил свои позиции, сторонники П.Лумумбы приняли решение переехать из Леопольдвиля в административный центр Восточной провинции Стэнливиль (совр. Кисангани) и сформировать там другое центральное правительство. Когда в ноябре 1960 сам П.Лумумба тайно покинул Леопольдвиль и направился в Стэнливиль, его выследили и схватили солдаты Мобуту.

К началу 1961 в Конго были четыре правительства: два боровшихся друг с другом национальных правительства, одно в Стэнливиле во главе с Мобуту, второе в Кисангани во главе с Гизенгой, заместителем премьер-министра в правительстве Лумумбы, и два сепаратистских правительства, одно во главе с Чомбе в Катанге, второе – с Калонжи в Южном Касаи. Сложившаяся в Конго ситуация вызывала беспокойство у западных держав и ООН.

Как в самом Конго, так и за его пределами укреплялось мнение, что Лумумба является единственным конголезским политиком, который способен сохранить территориальную целостность страны. Возможность возвращения Лумумбы к власти пугала Вашингтон, его западных союзников, поэтому ЦРУ продолжало поддерживать правительство в Леопольдвиле. По приказу Мобуту арестованный Лумумба был передан правителю Катанги Чомбе, который 17 января 1961 распорядился ликвидировать бывшего лидера страны. В феврале 1961 Совет безопасности ООН принял жесткую резолюцию, которая требовала восстановления в Конго власти центрального правительства и демократического режима, а также прекращения иностранной помощи Катанге.

При поддержке ООН и западных держав в августе 1961 был достигнут компромисс, в соответствии с которым власти в Леопольдвиле и Стэнливиле должны были сформировать одно правительство во главе с премьер-министром Сирилом Адулой. Руководители Катанги решительно отказывались от участия в его создании. В сентябре и декабре 1961 произошли вооруженные столкновения между силами ООН и катангской армией. Длительные переговоры между С.Адулой и М.Чомбе не принесли результатов, и только военная операция сил ООН против армии Чомбе в январе 1963 положила конец планам отделения Катанги.

Между тем правительственная коалиция, созданная из представителей Леопольдвиля и Стэнливиля, распалась, А.Гизенга был арестован. Эти события вызвали массовые выступления протеста. Для сохранения своего непопулярного внутри страны, но пользовавшегося поддержкой извне режима премьер-министр С.Адула был вынужден прибегнуть к жестким мерам, включая роспуск парламента. 3 августа 1963 сторонники Лумумбы сформировали в Леопольдвиле Национальный совет освобождения (НСО), который по соображениям безопасности вскоре перебрался в Браззавиль, столицу соседней Республики Конго.

В середине 1963 в провинции Квилу под руководством соратника Лумумбы Пьера Мулеле стали формироваться партизанские отряды. В январе 1964 они совершили вооруженные нападения на правительственные учреждения, здания христианских миссий и компаний. В апреле 1964 вооруженные действия начались вблизи восточной границы. Действовавшая на северо-востоке повстанческая Народная армия освобождения (НАО) в июле-августе разбила правительственные войска и установила полный контроль над этим районом. 5 сентября 1964, спустя месяц после захвата Стэнливиля НАО, Кристоф Гбение объявил о создании там революционного правительства.

Унизительные поражения конголезской армии от плохо вооруженных партизанских отрядов предопределили судьбу правительства С.Адулы. В июле 1964 было сформировано новое правительство, главой которого стал Моиз Чомбе. Для укрепления конголезской армии он призвал несколько сотен белых наемников и получил военную помощь от Бельгии и США. В августе при попытке захватить город Букаву партизаны потерпели первое серьезное поражение. К началу сентября возглавляемые наемниками колонны конголезской армии стали теснить повстанцев.

24 ноября 1964 с самолетов ВВС США на Стэнливиль был сброшен бельгийский десант. Его задачей было освобождение заложников из США и Бельгии и поддержка отряда правительственных войск под командованием наемников, которые должны были освободить город от мятежников. В ходе операции погибли более тысячи гражданских конголезцев и многие заложники. В течение нескольких последующих недель партизанские отряды на востоке страны были разгромлены. Отдельные группы партизан продолжали сопротивление в течение многих месяцев, а в некоторых районах – на протяжении еще нескольких лет.