Волна возмущения, которая прокатилась по миру в связи с бельгийско-американской вооруженной акцией в районе Стэнливиля, привела к увеличению военной помощи партизанам. На протяжении 1965 значительные поставки оружия через территорию Танзании осуществлял Китай. Кубинский революционер Эрнесто Че Гевара в течение нескольких месяцев занимался боевой подготовкой армии Лорана-Дезире Кабилы в горном районе вблизи оз. Танганьика. Но помощь пришла слишком поздно и уже не могла оказать влияние на исход противоборства между правительством в Леопольдвиле и сторонниками Лумумбы.

Когда победа над повстанцами уже не вызывала сомнений, Чомбе создал общенациональный политический блок Конголезское национальное соглашения (КНС) и провел в мае 1965 парламентские выборы. Несмотря на сложную обстановку, парламентские выборы были хорошо организованы, и их результаты почти никто не оспаривал. В новом парламенте образовались два враждующих блока. Итогом острой борьбы между президентом Ж.Касавубу и премьер-министром М.Чомбе стало решение Касавубу назначить на пост премьер-министра Эвариста Кимбу. Два раза кандидатура Кимбы выставлялась на утверждение депутатов парламента, и оба раза он не набирал необходимого количества голосов.

Этой ситуацией воспользовался главнокомандующий конголезской армией генерал Мобуту, который 24 ноября 1965 захватил власть в стране. Мобуту упразднил парламентскую республику и преобразовал Конго в унитарное государство. Большинство конголезцев поддержало эти реформы. В 1967 была принята новая конституция, в соответствии с которой в стране было установлено президентское правление. В 1974 в текст конституции были внесены поправки, а в 1978 она была заменена новой конституцией, которая предусматривала значительное расширение президентских полномочий. Созданная в 1967 правящая политическая партия Народное движение революции (НДР) была объявлена «верховным институтом» страны, что превратило Конго в типичное африканское государство с однопартийной системой и авторитарным режимом.

В первые годы правления Мобуту его режим пользовался определенной поддержкой населения, которое устало от хаоса начала 1960-х годов. Президент запретил политические партии, восстановил власть центрального правительства на всей территории страны и реорганизовал систему государственного управления. Сохраняя тесные отношения со странами Запада, правительство Мобуту приступило в 1967 к реализации программы по африканизации экономики и национализировало гигантскую компанию «Юнион миньер дю О"Катанга» (ЮМОК).

На выборах 1970 не имевшая соперников НДР завоевала все места в парламенте, а Мобуту был избран президентом на безальтернативной основе. В 1971 кампания африканизации была распространена на сферу культуры. Страна была переименована в Республику Заир (искаженное в 15 в. португальцами одно из местных названий р.Конго, Н"Зади). В рамках той же кампании была осуществлена замена христианских личных имен на африканские (в частности, Жозеф Дезире Мобуту стал Мобуту Сесе Секо), а также принята официальная идеологическая доктрина, получившая наименование «подлинного заирского национализма».

На протяжении 1970-х годов Мобуту, сохраняя в целом прозападный курс, начал укреплять отношения с Китаем, который предоставил Заиру экономическую и военную помощь. В ходе развернувшейся после завоевания независимости гражданской войне в Анголе Заир вместе с США и ЮАР оказывал помощь ФНЛА и УНИТА, которые боролись против (МПЛА), пользовавшегося поддержкой СССР. Гражданская война в Анголе обернулась для Заира закрытием железнодорожной связи с портовым городом Бенгела, через который экспортировалась медь из Катанги. В марте 1977 и в мае 1978 находившиеся в изгнании катангцы и другие оппозиционеры вторглись из Анголы в Катангу, чтобы свергнуть Мобуту. Получив значительную помощь от ряда западных держав, в первую очередь от Франции, правительственные войска с трудом одолели противников Мобуту.

Процесс ослабления режима Мобуту начался в конце 1970-х годов. Его предвестником стал экономический кризис 1975, а затем ряд унизительных поражений правительственной армии на начальном этапе боевых действий в Катанге в 1977 и 1978. Попытки международного сообщества, в первую очередь США, убедить правительство Мобуту в необходимости демократизации политической системы и стабилизации экономики закончились неудачей. Частично это можно было объяснить плохо продуманными рекомендациями, частично – нежеланием Мобуту и его погрязшего в коррупции окружения пойти на какие-либо реформы.