В марте 1971 состоялись общенациональные выборы, на которых президентом был избран Рамон Эрнесто Крус, лидер Национальной партии. Однако в 1972 Лопес Арельяно вернул себе власть, осуществив бескровный переворот и приостановив деятельность конгресса. К тому времени в стране вновь вспыхнули крестьянские волнения. Лопес возобновил проведение аграрных реформ, распределив между безземельными крестьянами государственные земли и разрешив заселение пустующих частных земель. На положении крестьян тяжело сказались последствия катастрофического урагана "Фифи", который обрушился на Гондурас в сентябре 1974, унес 8000 жизней и повредил почти 60% сельскохозяйственных земель.

Лопес издал закон о новой аграрной реформе, направленной на создание крестьянских кооперативов. Однако его режим приобрел много противников; с одной стороны, против него были настроены землевладельцы, недовольные аграрной реформой, а с другой — молодые армейские офицеры, озабоченные тем, что деньги, выделенные на ликвидацию последствий урагана, были присвоены высшими правительственными чиновниками. Последней каплей явилось доказательство факта получения самим Лопесом взятки от "Юнайтед фрут компани"; после этого в апреле 1975 военные отстранили его от власти, и его место занял полковник Хуан Альберто Мельгар Кастро.

При Мельгаре Кастро армия выступила на стороне крупных землевладельцев, жестоко подавив крестьянские волнения; часть их руководителей была брошена в тюрьмы. В экономике Мельгар Кастро стремился повысить роль государства в производстве бананов: некоторые плантации были переданы в собственность государства; кроме того, было создано государственное управление, которое должно было контролировать и финансировать деятельность национальных производителей. Продолжавшаяся коррупция и соперничество между различными группировками военных привели к тому, что в 1978 Мельгар Кастро был отстранен от власти военной хунтой, во главе которой стоял генерал Поликарпо Пас Гарсия. В 1980 состоялись выборы в законодательное собрание, однако ни одна партия не завоевала большинства, и Пас остался на посту президента.

На президентских выборах 1981 победил кандидат Либеральной партии Роберто Суасо Кордова. В 1985 его сменил другой либерал, Хосе Аскона, одержавший победу на следующих выборах над кандидатом от Национальной партии Рафаэлем Кальехасом (хотя результаты подсчета голосов вызывали некоторые сомнения). Однако на следующих президентских выборах победа Кальехаса, набравшего 51% голосов, была бесспорной. При этом, хотя в стране номинально существовало гражданское правительство, военные сохраняли власть в своих руках.

К 1993 свыше 70% населения жило ниже официального уровня бедности. На президентских выборах в ноябре 1993 победу одержал кандидат либералов Карлос Роберто Рейна, пообещавший создать Национальный совет экономического планирования, увеличить расходы на социальные нужды и провести новые переговоры с международными финансовыми организациями о выплате внешнего долга, превысившего 3,5 млрд. долл., вести борьбу с коррупцией, а также наказать виновных в нарушении прав человека. В то же время он заявил о намерении продолжать либеральную экономическую политику своего предшественника Кальехаса. Индейские организации страны бойкотировали выборы, требуя предоставления им прав на землю.

Правление президента Рейны разочаровало надежды населения Гондураса. Хотя он стремился избежать мер по сокращению государственных расходов. В октябре 1994 ему пришлось провести через парламент решение о продолжении начатой в 1990 программы структурной стабилизации. Тем самым правительство все же выполнило требование МВФ, после чего стране был предоставлен новый кредит общей сложностью в 600 млн. долл. В апреле 1995, несмотря на сопротивление армейского руководства, парламент проголосовал за отмену обязательной воинской службы. Военных обвиняли в тяжелых нарушениях прав человека, в том числе в поддержке "эскадронов смерти" и организации похищения 184 левых политиков в 1979-1984. Было создано специальное управление по правам человека. В июле 1995 против 10 офицеров началось следствие по обвинению в похищениях и пытках. Многие вынуждены были бежать из страны.

В ноябре 1997 либерал Флорес Факуссе избран президентом, получив 53% голосов, кандидат Национальной партии Нора де Мельгар набрала около 43%. Новый президент продолжал политику предшественника. В январе 1999 Национальная ассамблея одобрила поправку к конституции, которая подчиняла вооруженные силы президенту; были ликвидированы пост председателя вооруженных сил и военный Высший совет из 54 членов. На пост министра обороны было впервые назначено гражданское лицо. В июле того же года президент уволил заместителя министра и начальника генерального штаба за неповиновение новому министру. Однако репрессивные органы по-прежнему действовали зачастую самостоятельно. Так, в октябре 1999 полиция жестоко разогнала разрешенную президентом демонстрацию 6 тысяч индейцев, и глава государства распорядился провести расследование инцидента. Коренные жители протестовали против конституционной поправки, разрешавшей иностранцам покупать земли на побережье страны.

В конце 1990-х обострились отношения Гондураса с соседней Никарагуа, с которой шел спор по вопросу о суверенитете на прибрежную зону. В ноябре 1999 Национальная ассамблея расторгла соглашение 1986 года с Колумбией о морской границе. Этим решением оказалась затронута и морская территория площадью в 130 тыс. квадратных километров. Обе страны обвинили друг друга в концентрации войск на границе; Никарагуа ввела дополнительные пошлины на гондурасские товары и подала жалобу в Международный суд в Гааге. Стороны при посредничестве Организации американских государств в 2000 году приняли решение об отводе войск. Тем не менее, в течение года несколько раз вспыхивали перестрелки на границе.