Начало 20 в. было "золотым веком" для сальвадорской олигархии. Повышение цен на кофе способствовало политической стабильности; власть находилась в руках нескольких господствующих семей, смена президента происходила как правило мирно. Конец идиллии наступил в начале 1930-х годов, когда произошел обвал цен на кофе на мировых рынках и начались волнения среди крестьян и сельскохозяйственных рабочих. Мировой экономический кризис 1929—33 гг., тяжело отразившийся на экономике Сальвадора и положении народа, резко обострил классовую борьбу.

Стремясь предотвратить революционную вспышку, правящие круги совершили в декабре 1931 года военный переворот, поставив у власти "сильного человека" — генерала Максимилиано Эрнандеса Мартинеса, установившего диктаторский режим. В январе 1932 года вспыхнуло восстание, в котором приняло участие не менее 40 тыс. батраков и крестьян, требовавших земли. Повстанцы, руководимые коммунистами, захватили ряд городов и селений, в течение 3 дней над ними развевались красные флаги. Однако правительственные войска подавили восстание и учинили в стране жестокую резню: было убито более 30 тыс. человек (4% всего населения Сальвадора).

Эрнандес Мартинес дважды одерживал победы на президентских выборах, в 1935 и 1939. В декабре 1941 года Сальвадор объявил войну Германии, Италии и Японии. В годы 2-й мировой войны 1939—1945 гг. США стали основным рынком сбыта и единственным поставщиком промышленных изделий и горючего для Сальвадора и разместили на его территории свои авиабазы. Нараставшее недовольство режимом Мартинеса вылилось в восстание части армии; оно было подавлено, однако начавшаяся вслед за восстанием всеобщая забастовка положила конец диктатуре (1944 г.).

Пришедший в 1948 г. к власти Правительственный совет принял в 1950 году конституцию, которая впервые предоставила избирательные права женщинам и провозгласила демократические свободы. Но большая часть их осталась на бумаге. Правительства О. Осорио (1950—56) и Х. М. Лемуса (1956—60) подавляли рабочее движение и проводили политику усиленного привлечения в страну иностранного капитала, заключив ряд соглашений с США о финансовой и технической помощи.

Экономический кризис конца 50 — начала 60-х гг., связанный с падением цен на кофе, и победа революции на Кубе (1959) способствовали активизации рабочего движения и патриотических сил. Возник Национальный фронт гражданской ориентации. При его поддержке в октябре 1960 к власти пришла военно-гражданская хунта, восстановившая демократические свободы, но в январе 1961 реакционная военщина совершила переворот.

Были разорваны дипломатические отношения с Кубой, принят антикоммунистический закон о "подрывной деятельности", основана партия крупной буржуазии, военных и реакционного духовенства — Партия национального примирения. Правительства генералов Х. А. Ривера (1962—67) и Ф. Санчеса Эрнандеса (1967—72) аннулировали многие завоевания трудящихся и открыли ещё более широкий доступ иностранным монополиям.

Став членом Организации центрально-американских государств и Совета обороны Центральной Америки, Сальвадор поддерживал все мероприятия США, направленные против революционной Кубы и освободительного движения в странах Западного полушария. В 60-х гг. были заключены новые соглашения с США об экономической помощи, поставках военного снаряжения и вооружения, пребывании в Сальвадоре американской военной миссии и др. Именно отсутствие программы аграрных реформ явилось решающим фактором, который привел к т.н. "футбольной войне" между Сальвадором и Гондурасом в 1969.

В течение ряда лет происходило переселение безземельных граждан Сальвадора в Гондурас, где имелись свободные земли; общее число переселенцев из Сальвадора превысило 300 тыс. человек. В Гондурасе возникли опасения, что это может привести к аннексии пограничных земель Сальвадором. В то же время сальвадорские промышленные товары наводнили Гондурас. Все это послужило причиной войны, длившейся две недели. Армия Сальвадора оккупировала часть территории Гондураса, однако Организация американских государств добилась заключения мирного соглашения, по которому войска были выведены из страны.

Война, прекращенная после вмешательства Организации американских государств, тяжело отразилась на экономике Сальвадора. Десятки тысяч проживавших в Гондурасе сальвадорцев вернулись в Сальвадор. Потеря гондурасского рынка усугубила положение. Резко выросла безработица, обострились социальные противоречия.

Начало 70-х гг. ознаменовалось забастовками рабочих, служащих, учителей, студенческими выступлениями, крестьянскими волнениями. Недовольство режимом охватило многие слои мелкой и средней буржуазии и часть офицерства (восстание столичного гарнизона в марте 1972 года).

На выборах 1972 Христианско-демократическая партия (ХДП) во главе с Хосе Наполеоном Дуарте одержала верх над правящей Партией национального примирения, кандидатом которой был полковник Артуро Армандо Молина. В 1972—74 гг. велись переговоры с Гондурасом о восстановлении дипломатических отношений. В 1973 г. правительство президента А. Армандо Молины (с 1972) направило в Советский Союз и другие социалистические страны Европы делегацию для ведения переговоров об установлении торговых отношений. В ноябре 1974 года подписано торговое соглашение между СССР и Сальвадором.