В конце 1970-х годов стали набирать силу массовые организации левого толка, в том числе связанные с партизанским подпольем. Самая крупная из них, Народный революционный блок, захватывала правительственные учреждения и иностранные посольства, требуя повышения заработной платы и земельной реформы. В октябре 1979 группа реформистски настроенных офицеров совершила переворот и свергла президента Карлоса Умберто Ромеро Мену. Была создана военно-гражданская хунта, которую поддерживали многие политические партии. Однако консервативная часть военных и олигархия продолжали блокировать реформы, и в январе 1980 все партии "левее центра", за исключением части христианских демократов, перестали поддерживать хунту, во главе которой стоял Хосе Наполеон Дуарте.

В начале 1980 под давлением со стороны США хунта приступила, наконец, к осуществлению некоторых реформ, включая перераспределение земельной собственности и национализацию банков. Тем не менее в стране продолжались бесчинства полиции и военных. В марте 1980 выдающийся борец за права человека архиепископ Сан-Сальвадора Оскар Арнульфо Ромеро был застрелен у алтаря во время службы, а на его похоронах пришедшие проститься с ним горожане были расстреляны войсками. После этого в стране вспыхнула гражданская война.

В декабре 1980 левые организации, участвовавшие в вооруженной борьбе, объединились, образовав Фронт национального освобождения имени Фарабундо Марти (ФНОФМ). К ним присоединились часть христианских демократов, а также профсоюзы и группы студентов, духовенства и интеллигенции, образовав Революционно-демократический фронт (РДФ), руководство которого выступило с требованиями демократии и социальных реформ. Правительство США объявило РДФ террористической организацией и оказало хунте помощь, направляя в Сальвадор военных советников, деньги и оружие.

В марте 1982 под жестким контролем военных были проведены выборы в Законодательную ассамблею. Партии правого крыла оказались в большинстве, временно исполняющим обязанности президента был назначен банкир Альваро Маганья. К середине 1980-х годов более 40 тыс. граждан Сальвадора были убиты правительственными войсками, сотни тысяч эмигрировали. В мае 1984 состоялись президентские выборы, на которых победу одержал кандидат от ХДП Хосе Наполеон Дуарте.

На выборах в Законодательную ассамблею в марте 1988 со значительным перевесом победила партия правого крыла — Националистический республиканский союз (АРЕНА). Состоявшиеся через год — в марте 1989 — президентские выборы выиграл кандидат от АРЕНА Альфредо Кристиани. В мае 1990 правительство Кристиани и ФНОФМ согласились на переговоры с целью прекращения гражданской войны.

Изменения на международной арене, вызванные распадом СССР в 1991, повлияли и на положение в Сальвадоре. К 1991 году между правительством и ФНОФМ полным ходом шли переговоры. Большую роль на переговорах сыграл перуанец Хавьер Перес де Куэльяр, который объявил, что достижение договоренности о прекращении огня будет завершением его деятельности на посту генерального секретаря ООН. Мирный договор был подписан 16 января 1992 в городе Мехико и вступил в силу с 1 февраля 1992.

В марте 1994 на президентских выборах одержал победу кандидат от АРЕНА Армандо Кальдерон Соль, а его партия завоевала большинство мест в Ассамблее. Позднее в том же году произошел раскол ФНОФМ, и отколовшаяся группа, принявшая название Демократической партии, образовала недолговечный союз с АРЕНА. Выборы в Законодательную ассамблею и в местные органы власти, проходившие в марте 1997, закончились победой ФНОФМ. Эта партия получила столько же мест в Ассамблее, сколько АРЕНА, и завоевала большинство во многих муниципальных советах, в том числе в Сан-Сальвадоре.