Начало постоянного заселения правого берега Влтавы можно предположительно отнести к концу Х в. Поселения находились вблизи дорог, ведущих к бродам через Влтаву и, по-видимому, к первому предшественнику Карлова моста - деревянному мосту, по которому тогда, по некоторым данным, переправили в Пражский Град тело убитого князя Вацлава. Летописец Козьма Пражский в 1091 г. писал о том, что, вероятно, одно поселение было расположено в полях вблизи Града, а другое - на пути между Вышеградом и бродом через Влтаву, то есть где-то между нынешними Манесовым и Карповым мостами. Далее отсюда дорога вела к Пражскому Граду. Это способствовало усилению значения правобережной территории после временного перенесения княжеской резиденции в Вы-шеград при правлении князя Вратислава II. В этот же период на правом берегу Влтавы уже существовало поселение немецких купцов на Поржичи. Козьма Пражский описывает торжественный приезд Бржеслава II в Прагу в 1092 г.

В конце XI в. рынок, о котором упоминает летописец, вероятно, находился на месте теперешней Староместской площади. И после 1100 г. он был также и местом, где происходили собрания. Однако после 1100 г. наступает следующий этап в истории Града, рубежом которого был год 1230, когда начали возводить крепостные стены. В романской Праге того времени наиболее заселенным был район вокруг рынка и между теперешним Перштыном и деревянным мостом.

Таким образом, приблизительно в середине XII в, и в начале XIII в. возникло старогородское поселение, которое называлось Пражское подградье, или Межградье. В результате экономического подъема начались строительные работы. Все это способствовало приросту населения, который был обусловлен также и сильной иммиграцией. В это время наблюдается также развитие торговли. Постоянный товарообмен с иностранными купцами усиливал значение рынка. Иностранные купцы останавливались на княжеском гостином дворе, называемом Тын, упоминание о котором встречается уже при правлении князя Боржевого. Здесь с привезенного и транзитного товара взималась таможенная пошлина, откуда и название этого места - Унгельт.

Уже к середине XII в. правый берег Влтавы характеризовался красотой большей части зданий, сосредоточенностью заселения в районе рынка, образованием новых улиц и тд. Несмотря на то, что в романской Праге наблюдались крупное строительство, прирост населения, развитие торговли и ремесел, здесь отсутствовали общие правовые нормы, которые могли бы влиять на общественную жизнь этого района. Именно эта важная черта отличала средневековые города от более мелких районов. Строительство крепостных стен, начатое королем Вацлавом I после 1230 г., было знаменательным событием в процессе превращения Пражского подградья в Город пражский - civitas Pragensis - как он в начале назывался по аналогии с Градом. Однако крепостные стены имели не только военный характер, их строительство также свидетельствовало об укреплении внешнего и внутреннего единства городской территории. Таким образом, создавались важные предпосылки для развития жизни города. Крепостные стены имели протяженность 1700 м и ограничивали площадь около 140 га. Двойные стены были укреплены многочисленными башнями, некоторые из них достигали в высоту 30 м, на входе в город стояли ворота. Приблизительно в тот же период около костела св. Гавла преимущественно немецкие колонисты основали поселение, в течение некоторого времени сохранявшее административную самостоятельность. Городские крепостные стены были достроены в 1241 г., и вместе с этим закончились внешние изменения предградья. Укрепленный город стал совсем иным по сравнению с ранее существовавшим. Внутри города быстро развивались ремесла и торговля, строились монастыри, появлялись новые рынки.

Приход готического стиля в Прагу и Чехию был ознаменован тем, что в 1233 г. король Вацлав I предоставил ордену св. Клары, который основала в Чехии его сестра и первая настоятельница Агнесса, обширные угодья для строительства монастыря. Первоначально монастырь был предназначен для ордена св. Клары, но позднее часть его территории заняли также минориты (францисканцы). Образованная сестра короля Агнесса, отказавшаяся от выгодных предложений династического брака, посвятила себя служению Христу, бедным и больным. Благодаря своему кругозору, связям и дипломатическому искусству, она достигла многих существенных результатов в развитии как духовной, культурной, так и политической жизни страны.

Во времена правления Пршемысла Оттокара II в Праге наступил период расцвета. Пражские города, по свидетельству летописца, достигли богатства и благополучия.

Этому способствовали известность двора и обширность империи Оттокара II, что привлекало чужестранцев посетить чешскую столицу. Чешские купцы занимались торговлей, развивалась промысловая система города. К середине XIII в. ремесленники составили многочисленный общественный слой. В городе началось интенсивное строительство. В это время было возведено новое здание монастыря и костела св. Якова, был реконструирован костел св. Девы Марии, большое строительство было развернуто и во всем комплексе Анежского монастыря. Орденом доминиканцев недалеко от Юдифина моста было начато строительство костела св. Климента. Около него основали свой монастырь и крестоносцы красной звезды.

В результате развития торговли и производства во времена правления Пршемысла Оттокара II наблюдалось повышение уровня благосостояния горожан. Получение прибыли от добычи серебра и от трансакций с драгоценными металлами позволило продолжить дальнейшее развитие городской застройки. Готический стиль и здесь постепенно завоевывал свои позиции.

В 1287 г. процесс объединения города в правовом отношении был завершен. Судом и городской администрацией совместно с двенадцатью представителями городского совета управлял королевский наместник (пуркмистр). В этом же году король Вацлав II издал закон, запрещающий ношение оружия. За правовую основу объединения было принято нюрнбергское законодательное право. В действительности же это было так называемое "швабское зеркало", включающее в себя местные юридические нормы магдебургского права. Однако после этого объединения территория города не стала полностью единым целым, так как в нее входили районы, находящиеся под церковной юрисдикцией.

Несмотря на рост богатства, городскому населению не удалось ослабить власть королевского пуркмистра и усилить влияние городского совета. Требования жителей города разрешить открыть ратушу, поданные в 1296 г. Вацлаву II, не были удовлетворены, хотя король поддерживал развитие городов. С ростом богатства патрициата в начале XIV в. постепенно повышались и его политические амбиции. После смерти Вацлава III в 1306 г., а вместе с тем и прекращения рода Пршемысловичей по мужской линии, пражский патрициат разделился на две соперничающие группировки. Одна из них во главе с Вельфловицами поддерживала Генриха Хорутанского как кандидата на чешский трон. Олбрамовцы же и другие представители патрициата были на стороне Габсбургов. Острая борьба за власть и влияние, оказываемое на нового чешского правителя, привели к тому, что в городе возникли неблагоприятные условия для экономического развития. Несколько раз дело доходило до острых столкновений и боев. Битвы за Прагу в начале XIV в. также показали, что система укреплений настолько надежна, что городом можно овладеть лишь с помощью союзников внутри него.

Победа Яна Люксембургского в борьбе за чешский трон принесла городу желанный мир. Однако вскоре стало ясно, что король будет постоянно требовать денег, которые нужно будет преподносить в виде даров и безвозвратных займов. Городское население Праги уже при коронации почтило королевское семейство дорогими подарками, однако это было только лишь на чалом. Со своей стороны, король предоставил пражанам новые привилегии и, наконец, 18 сентября 1338 г. подписал в Амьене документ об учреждении Староместской ратуши. Таким образом, в городе было установлено самоуправление. Кроме того, в 1341 г. король дал разрешение на подготовку нового собственного Законника и утвердил судебную независимость пражской ратуши от других городов, что означало признание привилегий города по отношению к другим городам королевства.

В 1346 г. сын Яна Люксембургского, Карл IV, был избран римским королем, а вскоре, в том же году, после смерти своего отца в битве у Кресси, и чешским королем. Прага стала королевской резиденцией.

В 1348 г. Карл IV основал университет, чтобы, как указано в учредительной грамоте, "жителям королевства Чешского не было нужды просить в чужих странах милостыню, и чтобы нашли они в королевстве нашем стол с угощением к удовлетворению своему". Еще при жизни короля университет стал центром духовного развития. В нем собирались ученые не только со всего Чешского королевства и соседних стран, но и из отдаленных уголков всего света.

В начале XV в. в университете возникла научная оппозиция. Чешские профессора находились под большим влиянием английского реформатора Джона Уик-лифа, большую часть трудов которого привез в Чехию Йероним Пражский.

Университет (Каролинум) и по сей день расположен в старейшем здании карловского колледжа второй половины XIVB., готическом доме управляющего монетным двором Йолина Ротлева. О тех временах напоминает большой зал с готическим эркером (фонарем) бывшей часовни и готические аркады на первом этаже здания. Во дворе Каролинума в наши дни установлена скульптура Мастера Яна Гуса, созданная Карефлом Лидицким.

В 1357 г. Карл начал строительство нового каменного моста через Влтаву. Он должен был заменить Юдифин мост, снесенный наводнениями, и соединить пражские города на правом берегу реки с меньшим по территории пражским городом Малой Страной. Так этот город начали называть с 1348 г., когда Карл основал за стенами большого пражского города (Старого города) Новый Город между Вышеградом и берегом Влтавы. Строительство моста и монументальной Мостовой башни показало высокое мастерство художника Петра Парлержа и его артели.