Уже во времена короля Владислава Ягелло в Праге впервые появляется стиль ренессанс. В 1493 году строитель Бенедикт Рейт решил окна Владиславского зала в совершенно новом стиле, в духе итальянского ренессанса. Это были первые элементы ренессанса, укоренившиеся к северу от Альп. Но творчество Рейта -- хотя он применил те же элементы и при перестройке Новоместской ратуши -- еще не могла подавить господствующей готики. Особняком стояло и произведение итальянских мастеров -- летний дворец (1536-1560 гг) (это был Бельведер, который построил галантный Фердинанд I для своей жены Анны), разбитый со стороны Оленьего рва в королевском парке (1534г). О любви императорского сына к дочери горожанина Филиппине Вельсер свидетельствует причудливая "Звезда", шестигранный летний дворец с ромбообразными парадными комнатами. Прежде, чем Фердинанд I смог в большем масштабе развернуть свои планы и замыслы, на Град обрушился губительный пожар 1541г. Пожар возник на Малой Стране, уничтожил большую ее часть, распространился на Градчаны и не пощадил Града. На Малой Стране и Градчанах было уничтожено 197 домов, почти все дома на Граде пострадали от пожара. Необходимо было перестраивать, ремонтировать и строить заново. Несчастный случай открыл широкую дорогу для проникновения ренессансного стиля в город и на Град. И хотя строительство на Граде велось в то время очень экономно, а финансовое давление вынуждало архитекторов к быстрому зарубцовыванию ран, архитектура ренессансного стиля перестала быть чуждым элементом в пражском зодчестве. После 1541 года этот стиль утвердился в чешских городах, которые до того времени упорно придерживались традиций поздней готики, совершенной с технической стороны и по внутренней планировке помещений.

Строительство на территории Пражского града, начатое Фердинандом I, продолжалось до начала 30-летней войны. В стиле ренессанс был построен Павильон для игры в мяч в Королевском парке (архитектор Бонифаций Вольмут), парковый "Поющий фонтан", отлитый в 1564-1568 годах Тамашем Ярошем по проекту Ф.Терция. В 1563 году Вольмут закончил строительство королевского летнего дворца.

Во время правления Рудольфа II (1576-1611 гг), который проявлял весьма благосклонное отношение к искусству, снова настала великая эпоха для Праги, которая уже тогда начали именовать "золотой", так как именно в Прагу снова была перенесена резиденция императора. Город стал не только одним из важнейших центров европейской политики, но и центром весьма оживленной культурной жизни, интенсивность которой диктовалась королевским двором. Сам король занимался коллекционированием художественных и редких ценностей, для этого по его распоряжению были отделаны два огромных зала (Испанский зал и галерея Рудольфа). С большим интересом он следил за работой ученых и художников. Этим увлечениям Рудольф уделял больше времени и сил, чем выполнению обязанностей правителя. Он тратил на них огромные средства, и ему удалось собрать в Праге одну из блестящих в Европе коллекций. Во вновь построенных залах были собраны произведения Дюрера и Брейгеля (Рудольф II собирал его работы с особым интересом), Лукаса ван Лейдена, Леонардо да Винчи, Рафаэля, Тициана, Рубенса, Гольбейна-младшего, а также работы выдающихся скульпторов и ценные старые рукописи.

При королевском дворе собирался круг художников, алхимиков и искателей приключений. Это были известные художники и скульпторы, такие, как Бартоломей Спрандер, Ганс фон Аахен, Петер Стевенс, и другие, выдающиеся астрономы Ян Кеплер и Тихо Браге, английский алхимик Эдвард Келли. Как меценат Рудольф II создавал им идеальные условия для работы, поэтому некоторые решили даже навсегда поселиться в Праге.

В то время уровень городской культуры был высоким, об этом свидетельствовало развитие городских школ, активная деятельность издательских организаций (особенно выделялись Йиржи Рождяловский-Мелантрих из Авентина и Даниэль Адам из Велеславина), научная деятельность отдельных университетских профессоров и растущая роль значения образования в общественной жизни вообще.

После поражения 1547 года политическая жизнь в Праге ослабла. Лишь городская интеллигенция в конце 16 века пыталась возглавить политическую борьбу. В конце 1600 года в результате обострения отношений между габсбургско-католическим лагерем и его противниками Прага вновь становится ареной крупных политических сражений. Горожане в качестве основного требования своей оппозиционной королевскому двору и церкви программы выдвинули требования религиозной терпимости.

Раскол, происшедший в 1608-1609 годах в лагере Габсбургов в результате ссоры Рудольфа II с братом Матиашем, стал удобным поводом для конфликта между пражскими сословиями и Габсбургами. Матиаш решил лишить Рудольфа II престола и с этой целью сосредоточил свои войска под Прагой у Либеня. В сложившейся ситуации чешские сословия остались верны королю Рудольфу II и сохранили для него чешскую корону. Когда же наступило временное затишье, чехи вновь стали требовать религиозной терпимости и политических привилегий. На сейме пражане четко изложили свои требования, но знать оказала сопротивление. Король долго медлили с ответом, но все же издал Королевскую грамоту о религиозной свободе (9 июня 1609 года).

Королевская грамота о религиозной свободе мешала королевским учреждениям проводить антиреформаторскую политику, ибо теперь гуситы получили возможность проповедовать свои идеи в столице, где находились их главные святыни -- Вифлеемская часовня и костел св. Симона.

Но издание королем закона о религиозной терпимости не означало победы городских сословий, к тому же Матиашу Габсбургскому удалось принудить Рудольфа II отказаться от чешской короны. Больной король хотя и остался в Пражском граде со своими коллекциями, но не смог пережить случившегося и скончался 20 января 1612 года.

После его смерти королевский двор быстро распался. Вовремя правления короля Матиаша, правда, было завершено строительство северного крыла во втором дворе Града, дополненное монументальной башней (1614г), являющейся памятником барочной архитектуры. Зато часть коллекции Рудольфа II была перевезена в Вену, ибо Матиаш не считал Прагу своей постоянной резиденцией. Его недоверие к городу было вызвано позицией чешских сословий и двойственным политическим положением города, которое не изменилось после отречения и кончины Рудольфа II. При такой ситуации Габсбургам было выгоднее влиять на развитие событий издалека, поэтому было принято решение перенести столицу из Праги в Вену.

Вместе с королевским двором Прагу покинули иностранные гости, королевские учреждения и банки, переселились в Вену и политические деятели. Королевские наместники активизировали антиреформаторское давление на городское население и искали повода к тому, чтобы спровоцировать выступление недовольных городских сословий и расправиться с ними. Конфликт был неизбежен.

23 мая 1618 года произошла дефенестрация королевских наместников, которую подготовила небольшая группа шляхты, увлекшая за собой рыцарей. Это событие вызвало в Праге большое волнение: на улицы вышел вооруженный народ. Однако большинство пражан не имело ясного представления о значении этого события. Политическая дезориентация проявилась и в действиях членов пражских ратуш. Лишь сильное давление со стороны бюргерства, сотрудничавшего со шляхтой, вынудило магистраты городов присоединиться к восстанию. Это восстание стало началом тридцатилетней войны.

Шляхте союз с королевскими городами, и прежде всего с Прагой, был необходим по нескольким причинам. Прежде всего ей нужно было, чтобы восставшие выступали единым фронтом. Рассчитывала она и на то, что городские финансы будут служить восстанию.

С июня 1618 года в Праге стало собираться ополчение. Были усовершенствованы городские укрепления, которые почти не изменились со времен Карла IV, в то время как военная тактика и использование пушек требовали иного расположения защитного пояса укреплений и рвов. Наряду с оказанием необходимой помощи пражане должны были участвовать в поставках оружия и продовольствия для армии. Война затягивалась, росли расходы горожан, а вместе с ними и опасения, что расходы эти будут постоянно увеличиваться. Пражские города не связывали свои политические интересы с восстанием. Лишь только в 1619 году они выдвинули собственные требования, после чего на сейме в июле 1619 года разгорелся конфликт между шляхтой и городами. Чешская знать в оскорбительной форме отказалась обсуждать требования горожан.

Противоречия внутри лагеря чешской знати не утихли даже после избрания чешским королем Фридриха Пфальцского (26 августа 1619г). Знать возлагала большие надежды на выбор правителя, в частности на увеличение помощи из-за границы, однако расходы на войну выросли настолько, что помощь Фридриха Пфальцского и других союзников была уже недостаточной. Необходима была и помощь городов, возможности которых были далеко не безграничны. К тому же у горожан быстро исчезло желание оказывать эту помощь. Последнее явно свидетельствовало о разложении лагеря повстанцев. Когда в сентябре вновь начались работы по укреплению оборонительных сооружений Праги, в городе не возникло никаких волнений, хотя продвижение королевских войск по Чехии со всей очевидностью говорило о том, что скоро произойдет сражение, которое решит судьбу всего восстания.

В конце сентября армия под предводительством баварского курфюрста Максимилиана оттеснила чешское войско к стенам Праги. В ночь с 7 на 8 ноября чешская армия заняла позиции на Белой Горе пред Прагой. Утром 8 ноября к Белой Горе подошла армия Максимилиана. Началось сражение, исход которого первые полчаса был не ясен, затем сказался численный перевес армии Максимилиана, и войска повстанцев были разбиты. Прага капитулировала, а Фридрих Пфальцский бежал из страны.

Несмотря на капитуляцию и то, что горожане не оказали никакого сопротивления, Прага была отдана войскам на разграбление. Несколько недель продолжались грабежи, в результате которых город был разорен.

Управление городом сразу же взял в свои руки императорский наместник Карл Лихтенштейн. По его приказу 22 ноября пражане должны были сдать оружие. Спустя несколько дней в местные органы управления вернулись все чиновники, изгнанные в 1618 году. К исполнению своих функций приступили и старости, изгнанные в период восстания, поскольку зарекомендовали себя как агенты Габсбургов. По приказу властей в Праге начались дознания и чинились суды над участниками восстания, Были осуждены 29 пражан, 17 из них были казнены на Староместской площади 21 июня 1621 года.

Впервые после гуситской революции была восстановлена власть католической церкви. В декабре 1621 года Лихтенштейном были изгнаны из Праги протестантские священники, к 1622 году советы пражских городов состояли из католиков или новых конвертитов. 29 марта 1624 года католическое вероисповедание было провозглашено государственной религией. Были образованы специальные комиссии, перед которыми должны были предстать все горожане- некатолики. Дворяне и горожане получили право выбора: или принять католическую веру, или в кратчайшее время продать имущество и покинуть город и страну.

Началась эмиграция пражских горожан с семьями за границу. Многие выехали из города еще до начала религиозного преследования. Если участие в восстании для одних и несогласие с насильственными методами "окатоличивания" для других были главными причинами эмиграции, то причина резкого сокращения численности населения в Праге в период тридцатилетней войны была другой. Ограбление города после биты при Белой Горе, нестабильные условия жизни, резкое сокращение уровня материального благосостояния, отсутствие перспектив на крупные прибыли времен Рудольфа II, растущее налоговое обложение и военные контрибуции -- все это привело к обнищанию значительной части зажиточных горожан, которые все меньше возлагали надежд на то, что в Праге удастся восстановить ремесла и материальное благополучие. В условиях процветания корыстной политики правительства и церкви эмиграция для многих казалась наиболее легким способом решения жизненных проблем. Прага перестала быть городом, привлекательным для переселенцев.

Для венского правительства Прага стала второстепенным, провинциальным гордом. В ноябре 1631 года в Чехию вступила саксонская армия во главе с Яном Йиржи Арнимом, которая, не встретив сопротивления, захватила Прагу. Все крупные деятели габсбургского правительства, военных и церковных учреждений бежали из города (по большей части с имуществом).

Хотя завоеватели думали лишь о том, как бы удобнее перезимовать в Праге за счет противника, в Вене проявили беспокойство. Конечно, венскому правительству не было дела до несправедливостей, которые чинили городу саксонцы, но оно вдруг поняло, что Прага -- ключ ко всему королевству, и противник может протянуть руку к чешской короне. В начале мая 1632 года саксонцы были изгнаны из Праги Альбрехтом из Вальдштейна.

В 1648 году на Прагу напали шведы. В ночь на 25 июля шведскому генералу Кенигсмарку удалось проникнуть с войсками на территорию Градчан и Малой Страны. В руках шведов оказалась богатая добыча, в частности дворцы чешской знати, ценности самого Града и значительная часть коллекции Рудольфа. Эту коллекция и другие ценности Кенигсмарк объявил государственными трофеями, предотвратив тем самым их ограбление солдатами. Позже, когда положение шведов на Градчанах и Малой Стране упрочилось, Кенигсмарк начал систематически вывозить награбленные ценности в Швецию. Из 600 картин, перечисленных в описи коллекции от 1621 года, в Швецию было отправлено 427. Были вывезены и другие ценные памятники искусства.

После тридцатилетней войны стал меняться облик Праги. Разрушительная и разорительная, она создала предпосылки для расцвета стиля барокко. После 1654 года в городе стали исчезать маленькие дома, вместо них появились крупные дорогостоящие строения. Хотя знать и раньше владела многими домами в пражских городах, особенно на территории Градчан и Малой Страны, теперь благодаря конфискациям и благоприятным условиям для приобретения земель и домов ей удалось настолько овладеть городским недвижимым имуществом, что последствия еще долго ощущались городом.

После захвата Праги шведами в 1648 году Габсбурги окончательно убедились в том, что город может быть ключом к отторжению чешского королевства от монархии. Поэтому Габсбурги приняли решение превратить Прагу в современную барочного стиля крепость, способную противостоять любому возможному нападению противника.

Сразу же после окончания войны началось оживленное строительство, характерными чертами которого было преобладание церковных и дворцовых построек и господство стиля барокко в зодчестве. Чешская знать строила свои дворцы настолько пышно, как будто Прага по-прежнему была столицей. В это время были построены Чернинский дворец в Градчанах (1669-1697 гг), Лобковицкий дворец (1703-1707 гг), дворец Вальдштейнов, а также иезуитская крепость Клементинум. К алтарю в храме св. Вита, с которого незадолго до этого кальвинистские проповедники "зимнего короля" Фридриха Пфальцского и его жены, английской принцессы Елизаветы, сняли все украшения, прибавился серебряный надгробный памятник святого противореформаторского движения Яна Непомуцкого. Костел Марии Витезне (Победоносной) кармелиты превратили в обитель известного во всем мире Пражского амура. В 1683-1714 годах монастырские ордена и факультеты поместили на перилах готического моста целый ряд скульптур, которые во время так называемого королевского пути должны были свидетельствовать о поражении реформации.