Ни КАНУ, ни КАДУ не были удовлетворены действовавшей конституцией, и переговоры с англичанами возобновились. КАНУ выступал за скорейшее предоставление независимости и создание сильного центрального правительства. КАДУ вынашивал планы создания аморфной федерации автономных провинций.

В качестве основы для продолжения переговоров в апреле 1962 была принята компромиссная конституция, предложенная Великобританией, и вслед за этим было сформировано коалиционное правительство КАНУ – КАДУ, в которое вошли Кениата и Нгала. Конституция предусматривала создание двухпалатного парламента, состоящего из Палаты представителей (117 членов) и Сената (41 член). В административном отношении Кения была разделена на семь полуавтономных округов, в каждом из которых функционировало региональное законодательное собрание. Принцип резервирования определенного числа мест для лиц неафриканского происхождения был отвергнут, и в мае 1963 состоялись парламентские выборы.

КАДУ добился контроля над законодательными собраниями провинций Рифт-Валли, Прибрежной и Западной. КАНУ завоевал большинство мест в Сенате и Палате представителей, а также в законодательных собраниях провинций Центральной, Восточной и Ньянза. Из-за бойкота сепаратистски настроенными сомалийцами были сорваны выборы в Северо-Восточной провинции, поэтому там не был сформирован местный законодательный орган и места представителей этой провинции в Сенате и Палате представителей остались вакантными. Тем не менее Кения добилась внутреннего самоуправления, и Джомо Кениата стал первым премьер-министром страны.

Несмотря на протесты КАДУ, в октябре 1963 Великобритания и КАНУ пришли к соглашению о внесении поправок в конституцию, направленных на укрепление власти центрального правительства. 12 декабря 1963 Кения обрела независимость. В 1964 страна была провозглашена республикой; конституционные поправки еще больше расширили полномочия центрального правительства.

После получения независимости Кения официально заявила о своей приверженности политике неприсоединения, но фактически проводила прозападную политику. Правительство страны уделяло большое внимание созданию союза с другими государствами Восточной Африки. Хотя Кении, Танзании и Уганде не удалось образовать Восточноафриканскую федерацию, их усилия привели к возникновению в 1967 Восточноафриканского экономического сообщества (ВЭС), что позволило сохранить таможенный союз и другие совместные региональные экономические организации, куда все три страны входили еще с колониальных времен.

Из-за политических и экономических разногласий, возникших в 1970-е годы между странами-участниками, ВЭС практически прекратил свое существование в 1977, а в 1984 был официально распущен. Ухудшились отношения с Сомали, которое поддержало выступления сомалийского населения Кении за выход Северо-Восточной провинции из состава государства. В 1968 было достигнуто соглашение о нормализации отношений между обеими странами, и сепаратистское движение сомалийцев на северо-востоке Кении быстро сошло на нет.

После самороспуска КАДУ в 1964 на протяжении некоторого времени КАНУ оставался единственной политической партией в стране. Однако в 1966 в нем произошел раскол, и часть членов во главе с бывшим вице-президентом Кении Огингой Одингой создала оппозиционный Союз народа Кении (КПУ). Он отстаивал более «научный» путь к социализму и критиковал правительство за медленные темпы перераспределения земли и игнорирование проблемы трудоустройства кенийцев, а в сфере внешней политики призывал к сближению с коммунистическими странами. КПУ получил поддержку только в районах, населенных луо.

В июне 1969 был убит член правительства Том Мбойя, луо по этнической принадлежности. Его считали вероятным преемником Кениаты на посту президента. Отношения между кикуйю и луо обострились, и после беспорядков в районах проживания луо правительство запретило КПУ. Таким образом, Кения осталась однопартийным государством. Одинга провел 15 месяцев под домашним арестом, но в 1971, вскоре после освобождения, снова вступил в КАНУ.

Несмотря на продолжавшуюся борьбу фракций в КАНУ и в правительстве, при Джомо Кениате, авторитетном лидере, который бессменно руководил Кенией с 1963, политическая остановка в стране стабилизировалась. Тем не менее накапливалась социальная напряженность. Из-за быстрых темпов естественного прироста населения и значительного оттока сельского населения в города там росли безработица и преступность. Постоянным источником недовольства африканского населения было привилегированное положение в экономике европейцев и выходцев из Азии.