После смерти Кениаты в 1978 его преемником на посту президента стал бывший вице-президент Даниель арап Мои, календжин по этнической принадлежности. Он быстро укрепил свои позиции, хотя, по мнению критиков, его режим был авторитарным и коррумпированным. В середине 1982 младшие офицеры военно-воздушных сил ВВС при поддержке студентов предприняли неудачную попытку свергнуть Даниель арап Мои, сопровождавшуюся грабежами магазинов Найроби и нападениями на азиатское население. Правительство закрыло на год университет в Найроби, привлекло тысячу человек к судебной ответственности за участие в перевороте, и в 1985 два его руководителя были повешены по приговору суда.

Властные структуры Кении были поражены коррупцией. Роберт Оуко, самый высокопоставленный луо в кабинете Даниеля арап Мои, был убит спустя несколько месяцев после того, как ему было поручено официальное расследование по фактам коррупции. Когда выяснилось, что в убийстве Роберта Оуко замешан ближайший соратник президента Николас Бивотт и что он утратил поддержку среди луо, Даниель арап Мои отправил его в отставку. В знак протеста против «растущей жестокости» режима Германия отозвала своего посла из Найроби, а иностранные кредиторы стали оказывать финансовое давление на правительство Даниель арап Мои, чтобы тот разрешил деятельность других политических партий. Даниель арап Мои пошел на уступки, и в декабре 1992 в конституцию Кении была внесена соответствующая поправка.

Главным оппонентом КАНУ стал Форум за восстановление демократии (ФОРД), десятки видных членов КАНУ перешли в другие партии. ФОРД, во главе которого стояли Огинга Одинга и Кеннет Матиба, вскоре раскололся по этническому признаку. На состоявшихся впервые за четверть века демократических президентских выборах в декабре 1992 Даниель арап Мои получил 37% голосов, Матиба – 26%, Мваи Кибаки (его поддерживала главным образом Демократическая партия кикуйю) – 19% и Огинга Одинга – 18%. Из 188 мест в Национальной ассамблее КАНУ завоевал 97. В 1993 правительство Даниеля арап Мои согласилось на проведение экономических реформ, к которым его давно подталкивали Всемирный банк и МВФ, после чего они предоставили Кении в качестве помощи значительные средства для обслуживания внешнего долга, достигшего 7,5 млрд. долл. Даниель арап Мои не уставал повторять, что многопартийность будет способствовать усилению этнических конфликтов.

В середине 1990-х годов наметились демографические, экономические и политические тенденции, создающие основу для роста благосостояния населения и развития демократии. Ежегодные темпы естественного прироста населения страны, бывшие одними из самых высоких в мире (4%), в 1995–1998 годах сократились до 2,2%, как в результате падения рождаемости, так и увеличения смертности из-за распространения СПИДа. Продолжался рост экономики, основными отраслями которой оставались потребительское сельское хозяйство, экспортное производство чая и кофе, туризм. По подсчетам кенийского правительства, в 1995 ВВП страны возрос на 5%, а в 1996 – на 4%. Кения продолжала движение к многопартийной демократии, накануне всеобщих выборов 29 декабря 1997 прошли оживленные дискуссии о конституционной реформе.

В 1997–1998 накопленный позитивный потенциал был подорван совокупностью политических, экономических и природных факторов. Предвыборная кампания сопровождалась многочисленными актами насилия в центральной части и на побережье Кении. Это нарушило обычный ход сельскохозяйственных работ. Ожесточенная предвыборная борьба ведущих политических партий завершилась переизбранием Даниеля арап Мои на пятый пятилетний (последний для него) президентский срок. В начале 1998 необычайно сильные ливни при прохождении тайфуна уничтожили посевы, размыли дороги и разрушили мосты на главной транспортной артерии страны, соединяющей порт Момбасу с Найроби. Сельскому хозяйству, в том числе его экспортным отраслям, был нанесен существенный урон. После сообщений в зарубежных средствах массовой информации об актах насилия и эпидемиях поток иностранных туристов в Кению резко сократился.

В августе 1998 здание посольства США в Найроби было взорвано террористами. Погибли свыше 200 кенийцев и 12 американцев, сотни людей получили ранения. В стране распространена коррупция, ставшая тормозом экономического, социального и политического развития. МВФ, Всемирный банк и страны ЕС предупредили Кению о возможном прекращении экономической и финансовой помощи.