Доисторический период

Жизнь людей на территории современной Эстонии стала возможна после отступления ледника во время последнего ледникового периода около 12 тысяч лет назад. Согласно археологическим данным, древнейшим из известных поселений здесь явилась стоянка древних людей на берегу реки Пярну у деревни Пулли, что находится вблизи города Синди. Стоянка датируется началом IX тысячелетия до нашей эры. Более поздние поселения общин охотников и рыбаков, датируемые серединой VII тысячелетия до нашей эры, были обнаружены в окрестностях города Кунда, в северной Эстонии. Костяные и каменные предметы, схожие с найденными под Кунда находят и в других местах Эстонии, а также в Латвии, северной Литве и южной Финляндии. Так называемая кундская культура существовала вплоть до эпохи мезолита (V тысячелетия до нашей эры). С V по III тысячелетие до н. э. территория Эстонии была заселена народами культуры ямочно-гребенчатой керамики, жившими также в Финляндии, Швеции и на восток до Урала.

В эпоху неолита (IV—II тысячелетие до н. э.) прежнюю культуру сменяет культура шнуровой керамики, распространённая также в Центральной и Восточной Европе и Скандинавии. Представители культуры шнуровой керамики, предположительно, некоторое время сосуществовали с прежними обитателями.

Средневековье

Первые упоминания о городах Тарту (Юрьев, Дерпт) и Таллин (Колывань, Лидна, Линданисе, Реваль; эстонское название предположительно означает «датский город») появились в XI и XII веке. Как явствует из Повести временных лет, в 1030 году киевский князь Ярослав Мудрый предпринял поход на чудь, покорил их и заложил город, названный Юрьев, по христианскому имени князя. По-видимому, тогда же окрестные племена начали платить дань русским князьям. Так, согласно Новгородской первой летописи, весной 1061 года, воспротивившись сбору дани князем Изяславом, чудь сожгла Юрьев и, начав с разорения окрестных сёл, дошла до Пскова, однако была разбита псковскими и новгородскими войсками.

В 1116 году новгородцы взяли город Медвежья голова (совр. Отепя). 23 января 1131 года (1132 года по современному календарю) Всеволод Мстиславич был разбит чудью в Клине. 9 февраля 1133 (1134) года тот же князь с новгородским войском взял Юрьев. Зимой 1176 г. эсты напали на Псков, но взять не смогли, а в 1179 году князь Мстислав Ростиславич, вступив 1 ноября на новгородское княжение, немедленно предпринял успешный поход в чудскую землю. В 1191 году князь Ярослав с новгородцами и псковичами взял Юрьев («иде князь Ярославъ с новгородци и со плесковици и со всею областью своею на Чюдь и взя город Гюргевъ, и пожгоша землю их и полона бещисла приведоша»), а в следующем году город Медвежья голова.

В конце XII века начался Ливонский крестовый поход, который распространился в начале XIII века и на Эстонию, подвергшуюся немецкой церковно-феодальной агрессии. С созданием Ордена меченосцев (1202) началось ее завоевание чужеземцами. В 1208 году ливы и латыши были покорены Орденом. В 1210 году войском меченосцев был взят Вильянди. В 1211 году эсты разбили крестоносцев на реке Юмера.

В начале XVI век окончательно утвердилось крепостное право. Вся административная и судебная власть находилась в руках немецких магистратов. В городах образовались купеческие гильдии и цехи ремесленников. Реваль, Дерпт, Пернау и Феллин входили в Ганзейский союз. Архитектурный облик городов, особенно Таллина с его средневековой готикой, формировался под сильным влиянием западной и североевропейской («ганзейской») архитектуры. Движение Реформации, начало которой было положено Мартином Лютером в Германии (1517), получило широкое распространение в Эстонии. Одним из главных требований Реформации было проведение богослужения на языках местных народов, что стало причиной издания в Германии первых книг на эстонском языке (1525, 1535).

К началу Ливонской войны (1558—1583) население Эстонии составляло от 250 000 до 300 000 человек. Результатом этой войны стало прекращение существования Ливонской конфедерации. Северная часть Эстонии оказалась под властью шведов, а Южная Эстония — Речи Посполитой. Таллин, преследуя свои торговые интересы, добровольно принял протекцию Швеции. В 1559 году Дания захватила остров Сааремаа и часть западной Эстонии. Датский король отдал эти земли во владение герцога Магнуса Гольштейна. В 1561 году Дерптское епископство (Тарту) было захвачено Россией.

XVII—XX века

Шведское господство оспаривалось Польшей в войне 1654—1660 годов и Россией в войне 1656—1661 годов, но Швеция сохранила свои позиции в Эстляндии до конца века. Население Эстляндии восстановилось до 400 000 человек. С конца XVII века получило распространение школьное обучение на эстонском языке. В 1684 году при поддержке шведской королевской власти близ Тарту была открыта учительская семинария, где преподавал Бенгт Готтфрид Форселиус. В годы Великого Голода (1695—1697), из-за неурожайных лет, население сократилось приблизительно на 70 000 человек. Около 6 процентов населения Эстонии проживало в 10 городах, крупнейшими из которых были Ревель (Таллин), Дерпт (Тарту), Нарва, Аренсбург, Пернау, Феллин.

В начале XVIII века интересы Российской империи в Балтийском регионе столкнулись с интересами Швеции. Северная война (1700—1721) завершилась капитуляцией Швеции и присоединением в 1710 году Эстонии и Латвии к Российской империи, что было официально закреплено Ништадтским мирным договором 1721 года.

На территории Северной Эстонии была образована Ревельская губерния (с 1783 — Эстляндская), а Южная Эстония вместе с Северной Латвией образовывали Лифляндскую губернию. После присоединения эстонских земель к Российской империи Пётр I восстановил права немецкой аристократии, утерянные при шведском правлении.

В 1739 году на эстонском языке была впервые издана Библия. К концу XVIII века более половины населения губернии умело читать. Появление новой российской столицы Санкт-Петербург сильно снизило торговое значение таких городов как Ревель (Таллин) и Нарва.

К 1790 население Эстляндской губернии насчитывало около 500 000 человек. Выросло и городское население (1782): Ревель (Таллин) — 10.700, Дерпт (Тарту) — 3400, Нарва — 3000, Пернау (Пярну) — 2000. В первой половине XIX века немцы составляли 40—50 % горожан, и только 20—40 % являлись эстонцами.

В 1802 году заново открылся основанный в 1632 году Тартуский университет, двери которого были закрыты во время Северной войны. В том же году была проведена реформа, смягчающая крепостное право, обеспечивающая имущественные права крестьян на движимое имущество, и создавшая суды для решения крестьянских вопросов. Упразднение крепостного права в 1816 стало важным шагом на пути освобождения эстонских крестьян от немецкой зависимости, однако прошло ещё несколько десятилетий, прежде чем они получили право приобретать землю в собственность.

Аграрные реформы и развитие системы образования при императоре Александре II способствовали зарождению эстонского национального движения. Ярким представителем такого движения стал Якоб Хурт (1839—1906) — основатель национальной идеологии, считавший, что миссия движения должна быть культурной, а не политической. Более радикальное направление возглавлялось Карлом Робертом Якобсоном (1841—1882), педагогом, писателем, журналистом, основателем первой политической эстонской газеты «Сакала» (выходила с 1878 по 1882 годы). Сформулированная им политическая программа требовала равных прав для немцев и эстонцев. Он отмечался российским правительством, как главный противник балтийских немцев в Эстонии.

Под влиянием революционного движения в Российской империи в 1905 году по территории Эстонии прокатилась волна массовых забастовок рабочих. Национальная буржуазия выступила с требованием проведения либеральных реформ. Организованные выступления рабочих возобновились в 1912 и особенно с 1916.

Декретом от 30 марта 1917 года все районы Эстонии были объединены в единую административную единицу во главе с таллинским головой — Яном Поска. А 12 апреля 1917 года обе части Эстонии (Эстония — Северная Эстония и Северная Ливония — Южная Эстония) были объединены в единую административную единицу, управляемую Провинциальным парламентом и с исполнительным органом — Земским Советом. В числе других национальных частей, Временным правительством в составе российской армии была создана Эстонская дивизия.

Большинство эстонских партий видели дальнейшую судьбу Эстонии в качестве автономной части Российской Федерации. Однако в период между событиями февраля и октября 1917 года в Эстонии образовались политические силы, которые смогли в условиях развала империи и германской оккупации 1918 года выработать программу, целью которой было отделение от России.