Первоначально османский Тунис управлялся султанским наместником – пашой, который опирался на турецкие войска, янычар, возглавляемых командирами-деями, и местные военные формирования под командованием беев.

В 1591 янычары совершили переворот и установили правительство в составе 40 деев, через три года замененное диктатурой одного дея. Турецкий паша сохранил за собой чисто представительские функции. Экономика страны в этот период начала постепенно возрождаться, не в последнюю очередь, благодаря переселению мусульман из Испании. С начала 17 в. должность беев стала наследственной и принадлежала роду Мурадидов. В 1640 беи фактически отстранили деев от власти.

Наконец, в 1702 начальник кавалерии Ибрахим аш-Шериф сверг Мурадидов и объявил о том, что сосредоточивает в своих руках функции паши, дея и бея. Он был разгромлен и захвачен в плен правителями Алжира, но в 1705 новый начальник кавалерии Хусейн бен Али стал беем и основал фактически самостоятельную династию Хусейнидов, которая оставалась у власти до 1957. Формально признавая верховную власть османских султанов, новые беи проводили самостоятельную внутреннюю и внешнюю политику, имели свой герб и флаг.

В стране не было турецкой администрации и турецких войск. В 1735–1806 Тунис находился в вассальной зависимости от правителей Алжира, но это не было помехой для его развития. Беи поощряли торговлю, ремесла, мануфактурное производство и судоходство, вели морские войны с Венецией и Францией, отразили алжирское вторжение, а в 1811 подавили мятеж янычар и изгнали их из страны.

Положение изменилось после переворота 1814, приведшего к власти старшую ветвь Хусейнидов, опиравшейся на консервативное духовенство и отряды мамелюков. В стране начались религиозные распри, был восстановлен корпус янычар, введена система хозяйственных монополий, что нанесло существенный ущерб экономике. Около берегов Туниса курсировали французские и британские военные корабли.

В1827 тунисский флот был уничтожен англо-франко-русской эскадрой в Наваринском сражении. Государство оказывалось во все большей зависимости от европейцев и было должно крупные суммы денег европейским купцам. В 1830 Франция навязала Тунису неравноправный договор, открывший страну для европейских торговцев.

В попытке добиться модернизации правители страны пошли на проведение некоторых реформ по египетскому образцу. Министр Шакер и бей Ахмед (1837–1855) организовали регулярную тунисскую армию по европейскому образцу, окончательно ликвидировав корпус янычар, сооружали казенные фабрики и заводы.

Открылось военное училище, поощрялось изучение европейских языков и была разрешена деятельность христианских миссионеров. Последние открыли колледж, основали типографию и начали книгопечатание на арабском языке. В Тунисе селились итальянцы и другие иностранцы. В1838 стала издаваться первая газета (на итальянском языке). Однако в 1853 реформы были свернуты из-за растущей нехватки средств. Правительство прибегло к западным займам, и вскоре страна оказалась в полной финансовой зависимости от заграницы.

Либеральные просветители во главе с Хайраддином-пашой пытались добиться проведения политических преобразований. В 1857 тунисцам были предоставлены гарантии неприкосновенности чести, личности и имущества, равенство перед законом, свобода предпринимательства и торговли. В 1860 построена первая государственная типография и начат выпуск газеты на арабском языке. В 1861 в Тунисе была принята первая в арабском мире конституция. Правительство Хайраддина (1873–1877) проводило политику «просвещенного абсолютизма», поощряя образование, вводя твердые законы и распределяя пустующие земли среди крестьян. Но все это не могло финансовые проблемы.

Уже в 1869 бей был вынужден признать за Международной финансовой комиссией полномочия управлять тунисскими финансами. В 1879–1880 годах между Италией и Францией развернулась дипломатическая борьба за Тунис. Хотя большинство иностранцев в Тунисе было итальянцами, перевес оказался на стороне Франции. В 1881 французские войска оккупировали страну. Последние очаги вооруженного сопротивления к концу 1882 были подавлены. В соответствии с соглашениями 1881 и 1883 годов между Францией и беем, над Тунисом устанавливался французский протекторат.