После кончины Рамсеса XI, в 1085 г. до н. э., в стране разразилась гражданская война, которая в 1070 г. до н. э. положила конец династии Рамсесидов. Власть фактически перешла от фараонов к жрецам бога Амона, а царский титул перестал восприниматься как божественный. Время правления XXI—XXX династий называют Поздним периодом (иногда историки разделяют время правления XXI—XXV и XXVI— XXX династий на периоды Третьего междувластия и Поздний период).

Уже при последних Рамсесидах Египет потерял свое прежнее влияние в Передней Азии. Жрец храма Амона в Карнаке Херихор стал фактическим правителем Верхнего Египта, а наследственный правитель одного из городов в Дельте (Таниса) Смендес властвовал на севере страны. Несубанебджед, могущественный правитель Таниса (Пер-Рамсеса), стал основателем новой, XXI династии, цари которой около ста лет правили Дельтой, поддерживая дружественные отношения с правителями и верховными жрецами Амона-Ра в Фивах. Через столетие на политическую арену выступили ливийцы, уже с давних пор проникавшие с запада и оседавшие в дельте. Еще со второй половины Нового царства пленные ливийцы использовались фараонами в качестве воинов-наемников. Впоследствии ливийцы селились в дельте целыми семьями. Шешонк, один из вождей-военачальников при последнем царе XXI династии, Псусеннесе II, в 950 г. до н. э. провозгласил себя царем и стал основателем новой, XXII ливийской династии.

Со времени переноса столицы из Таниса в Бубастис начинается новый период в истории страны. Шешонк I укрепил свою власть в дельте и объявил своего сына верховным жрецом Амона-Ра в Фивах. Казалось, страна вновь объединяется. Вскоре войска Шешонка вторглись в Палестину, в 945 г. до н. э. ими был взят и разграблен Иерусалим. Затем север Верхнего Египта контролировался могущественным номархом Гераклеополя, на юге власть находилась у жречества Амона-Ра. Страна переживала время тяжелого кризиса, упадка ирригационной системы.

За новое объединение страны выступило фиванское жречество, которое смогло в этой борьбе опереться на военную мощь уже отделившейся от Египта Нильской Эфиопии (Куша). Консолидация местных эфиопских племен кушитов привела в VIII в. до н. э. к возникновению на южных границах Египта государства со столицей Напата у четвертого нильского порога. В середине VIII в. до н. э. эфиопский царь Пианхи вступил в Фивы и при поддержке жречества Амона, которому поклонялись и в Эфиопии, начал поход на север. Нижний Египет оказал упорное сопротивление. Возглавил борьбу против эфиопов правитель Саиса Тефнахт, которого поддерживали жрецы Мемфиса. Однако Мемфис был взят, и Пианхи вступил в дельту, пленив последнего царя XXIII ливийской династии — Осоркона. Тефнахт был вынужден признать власть Пианхи над Нижним Египтом.

Кушиты считали себя не завоевателями, а реставраторами древнеегипетской традиции, им частично удалось вернуть прежний блеск Египту. Например, в Судане, в некрополе Мероэ, они начали возводить остроконечные пирамиды, правда менее пропорциональные, чем египетские. XXIV династия правила уже не всем Египтом. Один из ее царей, Бокхорис, попытался положить конец ростовщичеству и долговому рабству в дельте. По преданию, он был взят в плен эфиопским царем Шабакой и сожжен.

В XXV династии (эфиопской) кроме Шабаки, окончательно объединившего страну, следует упомянуть имя Тахарки. Эти цари пытались играть политическую роль и в Передней Азии, но не могли даже контролировать Египет. Формально Египет в это время был единым государством с Нубией, которым управляла суданско-нубийская династия. Но уже царь Танумтамон жил практически не в Египте, а в Судане. Страна распалась на мелкие ливийские и египетские княжества, и в 647—665 гг. до н. э. Египет не смог противостоять ассирийскому завоеванию. В борьбе против захватчиков, правителям Саиса в дельте, Псамметиху I (663—610 гг. до н. э.) и его сыну Нехо II (609—594 гг. до н. э.), ливийцам по происхождению (XXVI династия), удалось объединить страну, откупившись золотом от ассирийцев. Нехо II принял участие в бурных событиях, сопровождавших гибель Ассирии в конце VII в. до н. э.

Он на короткое время завоевал Палестину и Сирию, однако был наголову разбит вавилонскими войсками Навуходоносора II. Нехо пришлось отойти на собственную территорию. Однако честолюбивый правитель взялся еще за одно великое дело, он решил соединить Средиземное море с Красным. Это стоило жизни 120 тысячам рабов, но работы завершились лишь через 150 лет, при персидском царе Дарий. В 550 г. до н. э. греки основывают свою первую колонию на территории Египта — Навкратис, стремясь при помощи торгово-политического союза противостоять персам. В 527—525 гг. до н. э.

Египет, после поражения Псамметиха III от Камбиса II, был завоеван персами и стал шестой сатрапией огромной империи. Персидские цари (Камбис II, Дарий I, Ксеркс I) провозглашали себя фараонами, но не переносили центр своей империи в Египет. Господство персов продолжалось почти два века. Восстания, зачастую инспирированные греками, однако, не приводили к независимости страны. Лишь Амиртею в 404 г. до н. э. (во время правления Ахеменидов в Персидской державе) удалось снова добиться независимости (XXVIII—XXX династии). Особенно прославился Нектанеб I (378—360 гг. до н. э.), который даже пытался завоевать некоторые области Передней Азии. В 343 г. до н. э. Артаксеркс III вновь сумел восстановить контроль над Египтом.