В Байкале насчитывается 53 вида и подвида рыб, относящихся к 13 семействам. Из них более половины - 31 вид - приходится на бычков-подкаменщиков. Подкаменщики не представляют особой промысловой ценности (хотя было время, когда вылавливали и их), но очень интересны для ученых, прежде всего для биологов-эволюционистов. Вне Байкала встречаются лишь два их вида песчаная и каменная широколобки; большая же часть видов возникла, очевидно, в самом Байкале. Все рыбы Байкала принадлежат к трем эколого-фаунистическим комплексам: сибирскому (14 видов и подвидов), сибирско-байкальскому (10 видов и подвидов) и байкальскому (29 видов). Сибирский комплекс составляют общесибирские виды, обитающие в заливах (сорах - местное название) Байкала. Это в основном карповые, окуневые, щуковые. В эту группу входят также и акклиматизированные виды - сазан, сом и лещ. Сибирско-байкальский комплекс представлен хариусовыми, сиговыми и осетровыми рыбами, которые живут в прибрежной (до 300 м) зоне озера. Байкальский комплекс рыб доминирует в озере он составляет 56% общего числа видов и 80% всей рыбопродуктивности озера.

В толще воды открытого Байкала обитает два вида голомянок. Голомянки - живородящие рыбки, они не откладывают икру, а выметывают в воду от 1 до 3 тыс. личинок. Это самые многочисленные рыбы Байкала. При весе тела 15-25 г. их общая биомасса составляет около 160 тыс. тонн, т.е. больше, чем биомасса всех остальных рыб вместе взятых. Однако промыслового значения голомянки не имеют, так как не образуют крупных скоплений.

Из 53 видов рыб, обитающих в Байкале, к числу промысловых относятся лишь 15. Однако в гастрономическом отношении (и, соответственно, в промысловом) они наиболее ценны. Это сиг, белый хариус, черный хариус, ленок, таймень, осетр, налим, окунь, щука, сорога (плотва), елец, язь, даватчан, карась.

Главная промысловая рыба Байкала - омуль. По местам обитания и внешним признакам выделены 3 группы омуля: пелагический омуль (воспроизводящийся в р. Селенги и нагуливающийся в поверхностных водах Байкала), прибрежный (нерестующий в реках северной оконечности озера и питающийся в прибрежной зоне) и придонно-глубоководный, нерестующий в малых реках.

Второе место в байкальском рыбном промысле занимает соровая группа рыб - плотва, окунь, щука, елец, язь и карась. Другие промысловые рыбы - хариус, сиг, осетр, ленок в связи с их сравнительной малочисленностью представляет интерес как возможные объекты рыборазведения, а также любительского и спортивного рыболовства.

Некоторые виды специально привозились и выпускались в водосборном бассейне Байкал в середине XX века, когда была распространена точка зрения (в дальнейшем признанная ошибочной), что кормовая база Байкала недоиспользуется, и его надо, поэтому обогатить несколькими привезенными промысловыми видами. Так появились в байкальских краях амурский сазан, амурский сом, восточный лещ. Но есть и такие вселенцы, которые проникли в бассейн Байкала не по прямому умыслу человека, а невольно, скорее всего - вместе с привозимыми в цистернах с Дальнего Востока упомянутыми видами акклиматизированных рыб. Это ротан-головешка, прожорливый хищник с огромной головой в треть длины тела и крупным зубастым ртом (откуда и название). Промыслового значения ротан совершенно не имеет, но ввиду своей прожорливости может нанести существенный ущерб рыбному хозяйству, истребляя молодь ценных видов рыб. Тревогу у специалистов вызывают факты встречаемости ротана уже практически в самом Байкале, в районах, прилегающих к дельте Селенги. А в учебных курсах экологии ему, видимо, суждено стать одним из классических примеров так называемого биологического загрязнения водоемов.