ЮАР, потерпев военное поражение в южной Анголе, в 1988 при посредничестве США и СССР пошла на переговоры с Анголой и Кубой по вопросу об урегулировании ситуации на юге Африки. С 1 апреля 1989 в соответствии с резолюцией №435 Совета Безопасности начался рассчитанный на год переход Намибии к независимости, осуществляемый под контролем ООН.

Группа ООН по оказанию помощи в переходный период (ЮНТАГ) состояла из 8 тыс. человек из 26 государств мира и включала военный, полицейский и гражданский контингенты. В переходный период лидеры СВАПО и более 40 тыс. их сторонников вернулись из изгнания на родину, прошла регистрация политических партий и 95% потенциальных избирателей; наконец, 97% избирателей приняли участие в выборах в Учредительную ассамблею, проведенных под наблюдением ООН, на которых за СВАПО проголосовало 57% избирателей. Учредительная ассамблея разработала и приняла конституцию Намибии. 21 марта 1990 Намибия была провозглашена независимой республикой, а ее первым президентом стал лидер СВАПО Сэм Нуйома, который в 1970–1980-е годы находился в изгнании.

Намибия потребовала возвращения ей зоны Уолфиш-Бей, которой как частью Намибии с 1922 по 1977 управляла ЮАР (затем она была включена в состав Капской провинции ЮАР). В 1992 ЮАР согласилась на совместное управление этим анклавом, а 1 марта 1994 передала всю территорию Уолфиш-Бея Намибии.

После провозглашения независимости ситуация в Намибии в целом была мирной и спокойной. Главными направлениями государственной политики были достижение национального примирения, социального равенства и экономическое развитие. На выборах 1994 СВАПО еще больше укрепила свои политические позиции. Наметился умеренный экономический рост в сфере иностранного туризма, рыболовстве и обрабатывающей промышленности, достигнутый прежде всего за счет государственных инвестиций. К концу первого десятилетия независимости наиболее сложными проблемами Намибии оставались забастовочное движение, недовольство крестьян ходом земельной реформы, безработица.