В июне 1446 корабли португальской экспедиции во главе с Нунью Триштаном достигли эстуария р.Жебы. За последующие 200 лет из фортов, построенных португальцами вдоль побережья, поступали рабы для Латинской Америки. Португалии удалось сохранить контроль над своими владениями в этой части Африки, несмотря на попытки захвата побережья испанскими торговцами, французскими пиратами, голландскими военными моряками и местными предателями, подкупленными англичанами.

К середине 19 в., в результате колониальных захватов Великобритании и Франции, позиции Португалии в этой части Африки значительно ослабли. Выступивший в 1870 в роли арбитра президент США Улисс Грант отверг британские притязания на побережье современной Гвинеи-Бисау. Границы во внутренних районах были установлены франко-португальским договором 1886 и окончательно демаркированы совместной комиссией в 1902–1905.

Территория Гвинеи-Бисау управлялась губернатором Кабо-Верде до 1879, когда она была преобразована в отдельную португальскую колонию во главе с собственным губернатором. Лишь к 1920 португальцы сумели установить реальный контроль над внутренними районами. В 1963 Африканская партия независимости Гвинеи и Кабо-Верде (ПАИГК) развернула вооруженную борьбу за независимость и к 1972 контролировала примерно две трети территории страны.

На борьбу с партизанскими отрядами ПАИГК португальские власти направили армию численностью 30 тыс. человек. 24 сентября 1973 депутаты Национального народного собрания, избранные на территории, которая находилась под контролем ПАИГК, провозгласили создание независимой Республики Гвинея-Бисау. Было сформировано правительство ПАИГК. В 1974, после того как португальские армейские офицеры захватили власть в Лиссабоне, новое правительство Португалии 10 сентября 1974 признало независимость Гвинеи-Бисау. Страну возглавил Луиш Кабрал, брат основателя ПАИГК Амилкара Кабрала.

Республика Кабо-Верде получила независимость в 1975. ПАИГК, возглавившая там правительство, была привержена идее объединения с Гвинеей-Бисау. Однако планы объединения были отложены после того, как в ноябре 1980 в результате военного переворота президент Луиш Кабрал был смещен со своего поста и главой государства стал генерал Жуан Бернарду Виейра.

В 1986 правительство Виейры представило обширную программу экономических реформ, направленных на либерализацию государственного сектора экономики. В 1989 власти инициировали пересмотр конституции. В июне 1989 были проведены выборы в региональные советы, на которых ПАИГК получила 95,8% голосов избирателей. Контролируемые ПАИГК региональные советы избрали депутатов Национального народного собрания, которые в свою очередь переизбрали Виейру на пост главы государства на новый срок.

В 1990 президент утвердил план введения многопартийной системы. В 1991 Национальное народное собрание одобрило ряд конституционных поправок, которые юридически прекращали действие однопартийной системы. Другие поправки отменили подчиненность вооруженных сил ПАИГК и гарантировали введение рыночной экономики. Несколько позже был принят закон, легализующий профсоюзы и отменивший цензуру печати. В конце 1991 – начале 1992 был легализован ряд оппозиционных партий. В июле 1994 на парламентских выборах ПАИГК получила большинство мест в Народном национальном собрании. В августе того же года Ж.Виейра выиграл президентские выборы.

В условиях ухудшения экономической ситуации в Гвинее-Бисау в середине 1990-х годов сохранялась социальная нестабильность. Под сильным давлением президента Виейры депутаты Народного национального собрания одобрили решение о вступлении страны в Западноафриканский валютный союз (ЮМОА), группировку западноафриканских государств, валюты которых привязаны к французскому франку. По условиям ЮМОА, прежняя денежная единица Гвинеи-Бисау гвинейский песо был заменен на франк Африканского финансового сообщества (КФА).

Конец 1990-х годов был отмечен частыми кадровыми перестановками в высших эшелонах власти. В июне 1998 правительство Виейры подавило попытку военного переворота, предпринятую бывшим начальником генерального штаба армии бригадным генералом Ансумане Мане. В начале июня он был уволен в отставку по обвинению в незаконной продаже оружия повстанцам, базы которых находились в соседнем Сенегале. В 1998 происходили ожесточенные столкновения между правительственными войсками Гвинеи-Бисау и мятежниками. Были убиты сотни человек, а приблизительно пятая часть населения вынуждена была покинуть свои дома. Правительство Виейры сумело удержаться у власти во многом благодаря присутствию в Гвинее-Бисау войск из соседних стран – Гвинейской Республики и Сенегала.