В течение I тысячелетия до н.э. в горной области Гватемалы возникло несколько городов-государств, влияние и торговые связи которых распространялись далеко за пределы современной Гватемалы. Около 300 н.э. перенаселенность или какая-то природная катастрофа вынудила большую группу майя переселиться дальше к северу, на равнину Петен. Эта область стала центром классической цивилизации майя, достигшей расцвета в 4–6 вв. и постепенно распространившейся в пределы современных Мексики, Белиза и Гондураса. Здесь обнаружены многие памятники этой культуры, например, изумительные сооружения в Тикале, Уашактуне и Киригуа.

Майя никогда не имели централизованного государства; вокруг крупных городов возникали другие города, со своими правителями, опиравшимися на жрецов, знать и военных. Из основных культур майя возделывали маис (кукурузу) и какао. Какао-бобы использовались как деньги, а также при изготовлении церемониального питья чоколатль, т.е. шоколада. Выращивались также тыквы, фрукты и хлопчатник. Религия майя включала как необходимый элемент человеческие жертвоприношения, которые рассматривались как средство отсрочить катастрофу, которая (согласно общему для всех культур Месоамерики поверью) уже четырежды уничтожала мир.

В 9–10 вв. большинство городов-государств майя было разрушено. Ученые выдвигают различные гипотезы, включая нашествие племен тольтеков, крестьянские восстания, вражду внутри господствующего класса или катастрофическую эрозию почв, которые не могли прокормить растущее население. Однако, хотя цивилизация майя на равнинах Гватемалы исчезла, она продолжала существовать на п-ове Юкатан и в горах юга Гватемалы. К 11 в. на Юкатане сложилось майя-тольтекское государство со столицей в Чичен-Ице. В этой культуре сохранились традиции возведения монументальных архитектурных сооружений культового и церемониального назначения и практика человеческих жертвоприношений. Группы племен майя, оставшихся в горах Гватемалы, хотя и не достигли высокого уровня в науке или архитектуре, как майя Юкатана классического периода, сумели выжить в своих хорошо организованных городах-государствах до самого появления испанцев в начале 16 в. Ученые расходятся в оценке численности майя к началу испанского завоевания; предположительно здесь обитало ок. 5 млн. человек, говорящих на 35 диалектах.

Испанские завоеватели – конкистадоры, пришедшие под командованием Педро де Альварадо из Мексики, захватили Гватемалу в 1524 с помощью своих союзников – индейцев из Центральной Мексики. Завоевание облегчила раздробленность городов-государств майя, а также эпидемии болезней, занесенных европейцами. Альварадо сначала заключил союз с какчикелями и разгромил их соперников киче, а затем был вынужден в течение 4-х лет усмирять своих недавних союзников, восставших против испанского господства. После нескольких лет ожесточенного сопротивления майя в конце концов покорились испанцам. Испанский король даровал конкистадорам обширные земельные владения, асьенды, и издал законы, обязывающие индейцев платить дань (налог) и работать на асьендах. Испанские колонисты создали плантационное хозяйство, производившее какао, индиго и кожу на экспорт и пищевые продукты для внутреннего потребления. Экспортировались также золото и серебро.

В административном отношении Гватемала входила в статусе «аудьенсии» в состав вице-королевства Новая Испания (Мексика), затем в 1560 было создано генерал-капитанство Гватемала, включавшее часть территории современной Мексики и Белиза, а также территории Гватемалы, Сальвадора, Никарагуа, Гондураса и Коста-Рики. Столица генерал-капитанства, Антигуа, была одним из самых великолепных городов Нового Света и уступала по величине только Мехико и Лиме. После того как в 1773 город был разрушен землетрясением, столица в 1776 была перенесена на новое место, где находится и сейчас (г. Гватемала). В административном отношении Гватемала подчинялась вице-королю Новой Испании, резиденция которого находилась в Мехико, однако практически пользовалась значительной автономией.