Древнейшие находки показывают, что территория нынешней Праги заселялась еще в каменном веке. Однако первые исторические сведения об этой местности относятся к 4–5 вв., когда здесь появились славянские племена. Князь Боржевой (850–895) из племени Чехов построил на незаселенной высоте над рекой Влтава деревянный замок (позднее заменен каменным), который стал после 870 главным местом правления династии Пршемысловичей (Град). В первой половине 10 в. на противоположном берегу Влтавы был построен другой замок (Вышеград). Между этими двумя замками и стал постепенно вырастать город. Полагают, что его название происходит от славянского слова «праг» – «порог». Пражский град опирался на посад, развивавшийся первоначально непосредственно под Градом, но в 11 в. его центр переместился на правый берег реки Влтавы. Посад стал важным центром торговли и ремесла. В Граде и посаде сооружаются укрепления, дворцы, базилики и монастыри. В 1158 Владислав II стал первым королем Чехии и перестроил свой княжеский замок (в Пражском граде) в королевский дворец. В конце 12 в. Прага превращается в торговый центр европейского значения, в ней строились пышные патрицианские дома и романские церкви. Ок. 1232–1234 чешский король Вацлав I пожаловал купеческой слободе около Тына титул королевского привилегированного Города пражского. Ок. 1240 на территории Праги был основан еще один город вокруг церкви св. Гавла, Гавелский город. Вскоре оба эти города слились в одно экономическое и территориальное целое – Старый город (Старе Место). Он был обнесен стеной с тринадцатью башнями. В 1257 король Пршемысл Отакар II (1253–1278) основал третий город – Малый город пражский (Мала Страна) с помощью поселенцев из Северной Германии. Эта часть города строилась вокруг прямоугольной площади.

Превращение купеческой слободы в город в конце 13 в. сильно изменило общественную и экономическую жизнь пражского посада и сопровождалось бурным строительством церквей, монастырей, жилых домов и торговых лавок, домов аристократов и патрициев с характерными узкими фасадами, украшенными щитами и эркерами, на рынках и площадях, соединяемые арками. В архитектурном стиле этого периода возобладала готика.

Роль Праги заметно выросла при чешском короле Вацлаве II (1278–1306), который стремился опереться на города в борьбе с феодалами, и особенно при Яне Люксембургском (1306–1346), зависевшим от финансовой поддержки богатых горожан. В 1321 был основан еще один пражский город – Градчаны, а в 1338 король разрешил патрициям Старого Места учредить орган городского самоуправления – ратушу. Король Карл IV (1346–1378), бывший одновременно императором Священной Римской империи, превратил Прагу в европейскую столицу. При нем в городе был основан университет (1348), учреждена архиепископская кафедра, построены великолепные готические сооружения дворца в Пражском граде и собора св. Вита (одним из его прославленных строителей был Петр Парлерж). Карл IV заново перестроил Вышеград. Шедевром средневекового урбанизма стало строительство Нового города (Нове Место), который соединил старинные поселки на правом берегу Влтавы. В нем сосредоточивались ремесленники, столяры, суконщики, ювелиры и пр. Все пражские города были обнесены единой городской стеной и по существу слились. В 1357 старый мост через Влтаву, смытый наводнением, был заменен новым готическим Карловым мостом. Однако официально Прага продолжала делиться на четыре самостоятельных города: Старо Место, Малу Страну, Градчаны и Ново Место.

В начале 15 в. Прага стала центром движения за религиозную реформу, которое возглавил магистр и ректор Пражского университета Ян Гус (1371–1415). Его казнь вызвала массовое народное движение гуситов (1419–1434), одним из центров которого была Прага. Пражские города активно участвовали в гуситском движении и их войска участвовали во всех крупных победах гуситов. Тяжелые бои, навязанные гуситам на улицах их города, причинили Праге серьезный ущерб. Были не только разрушены некоторые важные объекты (Вышеград, дворец Карла IV, Страгов), но пострадали и целые районы города -– Мала Страна, Градчаны, Погоржелец. После заключения мира король Сигизмунд в 1436–1437 вынужден был предоставить пражанам особые привилегии, которые не только подтверждали все прежние льготы чешских бюргеров, но и содержали примирение власти с новыми политическим положением города. Ускорилось развитие городского самоуправления. Символом его укрепления стала перестройка Староместской ратуши во второй половине 15 в. В конце столетия были сооружены водокачки, снабжавшие город водой из Влтавы. Шедеврами поздней чешской готики стали башни и дома и дворцы, построенные Матеком Райсеком и Бенедиктом Рейтом. В 1487 в Праге была напечатана первая книга – Псалтырь. Городские школы давали весьма высокий по тем временам уровень образования.

Значение Праги как столичного города стало падать после того, как король Владислав II Ягеллон (1471–1515) получил в 1491 венгерскую корону и перенес свою резиденцию в Буду. В борьбе с папством и знатью пражские города предприняли новые усилия по сближению. В 1518 жители Старого и Нового Места на общем собрании одобрили объединение городов, городских учреждений и имущества; был избран общий муниципалитет.

В 1526 чешская корона перешла к Фердинанду I Габсбургу, который стремился укрепить монархию, подчинив себе города. Он отказался перенести столицу в Прагу, упразднил единство города, обновив в 1528 раздельные муниципалитеты, ограничил собрания горожан и назначал в магистраты лояльных людей. В 1547 Фердинанд жестоко подавил восстание жителей Праги, протестовавших против набора войск для борьбы с немецкими протестантами. После этого пражские города были лишены всех привилегий и общественного имущества, цехи были разгромлены и должны были сдать королю оружие. Городское самоуправление было поставлено под надзор назначаемых королем начальников и старост. Хотя часть привилегий была позднее возвращена, эти события означали конец политической самостоятельности городов.

Несмотря на это, Прага быстро возрождалась, интенсивно развивалась торговля. В последние два десятилетия 16 в. наблюдался интенсивный приток населения, в том числе из-за рубежа. В Прагу переселялись торговцы и ремесленники из Нидерландов, Франции, Италии, Германии и других европейских государств. Король Фердинанд I развернул активное строительство на территории Пражского Града, и город перестраивался после разрушительного пожара 1541. В архитектуре получил распространение стиль Ренессанс. Император Рудольф II (1576–1611) вновь перенес резиденцию монарха в Прагу, и при нем город стал не только одним из важнейших центров европейской политики, но и центром весьма оживленной культурной жизни. Сам король занимался коллекционированием художественных и редких ценностей, для этого по его распоряжению были отделаны два огромных зала (Испанский зал и галерея Рудольфа), содержавших одну из самых блестящих в Европе коллекций. Она включает произведения Дюрера, Брейгеля, Лукаса ван Лейдена, Леонардо да Винчи, Рафаэля, Тициана, Рубенса, Гольбейна-младшего, а также работы выдающихся скульпторов и ценные старые рукописи. При королевском дворе собирался круг художников, алхимиков и искателей приключений. Среди них были известные художники и скульпторы, такие, как Бартоломей Спрандер, Ганс фон Аахен, Петер Стевенс, и другие, выдающиеся астрономы Ян Кеплер и Тихо Браге, английский алхимик Эдвард Келли. В Праге развивались школы, велась активная издательская и научная деятельность.

Ожесточенная политическая борьба между Рудольфом II и его братом Матиашем в 1608–1611 и обострявшийся конфликт между католическим лагерем и приверженцами религиозной терпимости привела к тому, что Габсбурги решили перенести столицу в Вену. Вместе с королевским двором Прагу покинули иностранные гости, королевские учреждения и банки, переселились в Вену и политические деятели. Антиреформаторская политика королевских наместников вызвала направленное против них восстание жителей Праги; 23 мая 1618 чиновники короля были выброшены из окон Пражского замка (дефенестрация). Это восстание стало началом Тридцатилетней войны (1618–1648).

В ноябре 1619 Прага была разорена и разграблена католической армией под предводительством баварского курфюрста Максимилиана. Прежние чиновники были восстановлены на своих постах, начались суды над участниками восстания. Были осуждены 29 пражан, 17 из них были казнены на Староместской площади в 1621. В 1624 католическое вероисповедание было провозглашено государственной религией; некатолики должны были покинуть город и страну. Началась эмиграция жителей. Растущее налоговое бремя и контрибуции привели к обнищанию значительной части горожан. В ходе войны Прага не раз переходила из рук в руки. В ноябре 1631 ее захватила саксонская армия во главе с Й.Арнимом, но в мае 1632 ее изгнали императорские войска Валленштейна. В июле 1648 город разгромила и разграбила шведская армия.

Война убедила Габсбургов в том, что Прага может стать ключом к отторжению чешского королевства от монархии. Поэтому было решено превратить город в современную крепость, способную противостоять любому возможному нападению противника. Сразу же после окончания войны началось оживленное строительство, характерными чертами которого было преобладание больших домов, церковных и дворцовых построек и господство стиля барокко в зодчестве. Чешская знать строила свои дворцы настолько пышно, как будто Прага по-прежнему была столицей. Проникновение барокко в Старо Место облегчил пожар 1689, уничтоживший несколько сотен домов. Прага стала сокровищницей барочного искусства, достигшего высокого европейского уровня, немалую роль при этом сыграли архитектурные памятники, спроектированные выдающимися мастерами: Килианом Игнацем Динценгофером, Франтишеком Максимилианом Канькой и зарубежными архитекторами – Доминико Мартинелли, Джованни Аллипранди, Джованни Сантини Айхелом и Жаном Бернаром Фишером из Эрлаха. В 1701 в городе появилось первое постоянное здание театра (Шпорковский театр). Во второй половине 18 в. под влиянием Вены в Праге стал распространяться стиль рококо.

В период войны за Австрийское наследство вновь проявилось стратегическое значение Праги. В ноябре 1741 город был захвачен объединенными войсками Баварии, Саксонии и Франции, но в конце декабря французский гарнизон был выведен и в 1743 Мария Терезия смогла короноваться в чешской столице. В сентябре 1744 после бомбардировки и осады Прагой ненадолго завладел прусский король Фридрих II; город был опустошен и заплатил высокую контрибуцию.

Реформы, осуществленные Марией Терезией (1740–1780) и Иосифом II (1780–1790), ограничили роль церкви в общественной жизни, способствовали развитию образования и изменили структуру городского управления. В 1784 Старе Место, Нове Место, Мала Страна и Градчаны были объединены в единый город Прагу. В то же время, политика реформаторов сопровождалась активной германизацией, оказавшей особое влияние на высшие городские слои и интеллигенцию. В то же время Прага начинает превращаться в центр чешского национального движения.

Отмена крепостного права, ослабление роли цехов и развитие промышленного производства способствовали в начале 19 вв. изменению внешнего облика города. На месте ликвидированных старых рвов возникли новые улицы с современными домами. Наряду с барокко, в архитектуре появились элементы классицизма и романтизма, затем распространился неоренессанс. Строительство Праги на данном этапе характеризовалось либо включением новых зданий и кварталов в старый архитектурный каркас, подчас без привязки к окружающей местности и соблюдения гармонии, либо строительством новых жилых районов по шаблону в соответствии с интересами предпринимателей, многие из которых заседали в органах самоуправления Праги или окрестных поселков и принимали решения о застройке города.

В 19 в. Прага не была столичным городом, но оставалась важным общественным центром Австрийской, позднее – Австро-Венгерской монархии. Во время революции 1848 в городе происходили баррикадные бои. С 1880-х происходил бурный подъем промышленности, одновременно в Праге развивалось рабочее и социалистическое движение. Промышленный подъем способствовал интенсивному строительству мостов и транспортных путей. Первая железная дорога появилась здесь еще в 1845. В 1875 в Праге была организована конка, а в 1891 пущен электрический трамвай. Развивалась чешская культура. В 1881 был открыт Национальный театр. В 1907 в Праге появился первый кинотеатр.

Центр общественной и торговой жизни Праги в это время переместился на Вацлавскую площадь. После сноса городских стен Прага стала быстро расти, занимая площади за прежними городскими воротами, где возникли новые пригороды. В 1851 к городу был официально присоединен Йозефов, в 1883 – Вышеград, в 1884 – Голешовице-Бубны, в 1901 – Либень. В начале 20 в. в пражскую архитектуру проник стиль модерн.

После Первой мировой войны и распада Австро-Венгерской монархии, 28 оетября 1918 в Праге была провозглашена независимая Чехословацкая Республика. Уже в 1920 к Праге были официально присоединены пригороды Карлин, Смихов, Жижков, Винограды и другие мелкие окрестные поселения. Город оставался столицей Чехословакии до 1939, когда его оккупировали войска нацистской Германии. Прага была превращена в административный центр созданного оккупантами «протектората Богемия и Моравия». В самом конце Второй мировой войны, в мае 1945 в городе вспыхнуло вооруженное восстание населения, изгнание германских войск было довершено Красной армией. Прага вновь стала столицей возрожденной Чехословацкой Республики и в последующие десятилетия была центром основных политических событий в стране: переворота, организованного коммунистической партией в 1948, общественного подъема «Пражской весны» (1968), народных манифестаций 1989, приведших к восстановлению режима парламентской демократии («бархатной революции»). В эти годы продолжали интенсивно развиваться промышленность, экономика города, строительство, городское хозяйство. В 1992 ЮНЕСКО включило центр Праги в список культурного наследия человечества. После распада Чехословакии, Прага превратилась с 1 января 1993 в столицу Чешской Республики. Здесь находятся ее государственные и политические органы – парламент, правительство, президент, а также важнейшие социальные, культурные и образовательные институты страны.