По мере развития экономических отношений усложнялось управление городом и его имуществом как в пределах укреплений, так и в провинции. Необходимо было заботиться о поддержании в порядке укреплений башен, улиц и некоторых общественных устройств, следить за соблюдением мер безопасности от пожаров, охранять город от нежелательных переселенцев и вообще охранять городское население. В XV веке число таких задач постоянно росло. Появилась должность часовщика, который обязан был следить за часами на Староместской башне, и водопроводчика, ведающего городским водопроводом. Водокачки, построенные в Старом и Новом Месте, а также на Малой Стране в конце XV века, снабжали водой из Влтавы лишь небольшую часть города. В то же время лесопильные машины, мельницы, гранильные мастерские со сложным оборудованием свидетельствовали об определенном техническом прогрессе в коммунальной политике, которому соответствовал и высокий уровень измерительной работы пражских мельников, считавшихся знатоками водных сооружений всего чешского королевства.

Матек Райсек из Простеева, известный в истории пражской архитектуры как строитель Пороховой башни (1475г), сначала был учителем в Тынской школе. В его творениях и в работах других зодчих поздняя чешская готика достигла своего наивысшего расцвета именно в городских постройках. Современник Райсека Бенедикт Рейт из Пискова начал работы по перестройке некоторых строений Града (1484г). В городских домах (например, на Староместской площади дом N548, его арка выполнена Райсеком) начали ярко проявляться новые элементы позднеготической архитектуры.

Образование стало одним из основных условий удачной жизненной карьеры. Среди торговцев стали прививаться торговые книги, представители других слоев населения, стремясь к экономическому благополучию, овладевали грамотой. В 1487 году в Праге была напечатана первая книга -- Псалтырь Давида, а год спустя четыре горожанина финансировали печатание пражской Библии. Городские школы давали высокий уровень образования, поскольку в них преподавало целое поколение школьных бакалавров, воспитанных Пражским университетом.

Несмотря на определенные экономические трудности, культурный уровень пражского городского населения в конце XV века был довольно высокий и оказал решающее влияние на культурный уровень страны в целом.

Около 1490 года спор королевских городов со знатью об экономических и политических привилегиях городов достиг критической стадии развития. Знать, используя повышенную экономическую активность провинций и связанные с этим трудности для большинства городских ремесел, обрушилась не городские привилегии. Одновременно знать попыталась свести до минимума власть городских учреждений, лишить их возможности вмешиваться во внутриполитические дела страны.

После получения венгерской короны король Владислав II Ягелло (1471-1515 гг) перенес свою постоянную резиденцию в Буду (1491г) и с этого времени появлялся в Праге лишь с кратковременными визитами, хотя в Граде Бенедикт Рейт продолжал работы, начатые вскоре после перенесения королевской резиденции из королевского дворца в Старом Месте на Градчаны (1484г). Концепция Рейта по перестройке резиденции пражских королей быстро переросла рамки необходимых работ. Именно в Пражском граде Рейт проявил себя как чрезвычайно способный архитектор крупного масштаба. Его деятельность в Граде достигла своей вершины в создании Владиславского зала (1487-1502гг), северного крыла королевского дворца, лестницы для всадников (во Владиславском зале проводились рыцарские турниры) и в проекте южного крыла дворца, построенного в 1503-1510 годах. Во время сооружения Владиславского зала при участии Рейта был произведен ремонт укреплений Града, сам Рейт построил три башни -- Далиборку, Белую и Мигулку. В мастерской Рейта был создан портал южного входа в базилику св. Йиржи. Сооружение часовни в соборе св. Вита -- заслуга Гануша Спейсова. Хотя попытка быстро достроить собор св. Вита потерпела неудачу (1509-1511 гг), строительство на Граде продолжалось и при короле Людовике (1516-1526гг). Художественные ценности Града пополнил в начале XVI века цикл росписей в Святовацлавской часовне, выполненной в стиле ренессанс. Но обширная перестройка Града не побудила королей Ягеллонской династии к тому, чтобы перенести резиденцию из Буды в Прагу.

Прага оставалась городом без королевской резиденции, рассчитывающим на собственные экономические силы. И, хотя Прага все еще была самым крупным городом в Чехии и одним из крупнейших в Центральной Европе, она уже не относилась к большим городам ни по численности населения (с 1429 по 1524 годы население в пражских городах сократилось на 25 тыс. человек), ни по своему значению.

Папство было сильным противником. Шаг за шагом оно принуждало пражские города к активной обороне. Но даже в период самых тяжких поражений и неудач пражане все же нашли в конце концов путь к взаимному пониманию -- единственному выходу из кризисного положения. В ноябре 1509 года они заключили договор, который стал основой хорошо продуманного и последовательно проводимого сопротивления агрессивной политике папства. 30 августа 1518 года в Каролинуме собралось общее собрание жителей Старого и Нового Места, которые единодушно одобрили объединение городов. После выбора общих органов самоуправления во главе с городским муниципалитетом были объединены городские учреждения и городское имущество. Знать встретила это решение пражан молчанием, а король Людовик признал его лишь спустя пять лет (в 1523г). Были объединены цехи ремесленников, а привилегии, данные отдельным городам в узком экономическом смысле, потеряли свое прежнее значение.

Когда в 1526 году после трагической гибели молодого короля Людовика в битве при Мохаче избирался новый чешский король, среди избирателей были и представители Праги, но их голос, а следовательно, голос всего городского сословия был отдан кандидату на чешский трон, которого предлагала знать, -- Габсбургскому эрцгерцогу Фердинанду.

После выборов в Чехии, а затем и в Венгрии, Габсбурги укрепили основы своей центральноевропейской политики и внутреннее могущество монархии. У Праги вновь появились предпосылки к тому, чтобы стать крупным столичным городом. Если бы Фердинанд I при выборе места своей постоянной резиденции руководствовался критериями величины и значимости столицы, он непременно выбрал бы Прагу. Против такого выбора было одно, но очень важное обстоятельство: Фердинанд Габсбургский мог полагать, что чешское городское сословие постарается использовать его присутствие в Праге для того, чтобы укрепить свою власть. В таком случае возвышение Праги до ранга столицы монархии произошло бы в ущерб идее централизма. Фердинанд не собирался идти на уступки большие, чем это было необходимо для укрепления собственных позиций. Прагу он любил и вплоть до бунта 1547 года, в котором главная роль принадлежала жителям Праги, бывал в ней очень часто и проявлял большую заботу о строительстве Пражского града.

В 1528 году Фердинанд I обновил муниципалитеты в обоих городах, тем самым было уничтожено их прежнее единство. Это был первый шаг Фердинанда, направленный на ослабление политических позиций пражан; затем был сделан второй шаг -- король ограничил собрания горожан из больших населенных пунктов. Третьим шагом можно считать королевскую последовательность в назначении на должности в магистрате людей лояльных, защищавших интересы короля. Жители Праги вначале мирились с таким положением. Постепенно они стали сознавать, что централистская политика Фердинанда направлена против их политических свобод.

В 1546 году Фердинанд I, как союзник своего брата императора Карла V, дал обязательство активно помогать последнему в войне против Германии, при этом он рассчитывал на средства, которые ему предоставит чешская знать. Но чешская знать и города повели себя двусмысленно. Они согласились предоставить военную помощь королю, но отказались дать согласие на войну с немецкими протестантами. Когда же король собрался вывести собранное горожанами войско в Силезию, последнее отказалось выступить, причем наиболее твердо держались городские военные соединения во главе с пражанами. Это было началом конфликта. В январе 1547 года Фердинанд I вновь стал собирать войско из знати, на этот раз в нарушение существующих законов -- без согласия сейма. Большинство знати отказалось подчиниться приказу короля. В начале февраля к членам пражского магистрата обратились представители других городов с просьбой посоветовать, как им следует поступить, чтобы король не наказал их за отказ предоставить войско.

Члены пражского магистрата отказались дать совет, поскольку считали, что это будет не только действие, направленное к подрыву авторитета короля, но и начало заговора. Тогда выступили горожане обоих пражских городов. Без согласия короля и магистрата они собрались и резко осудили трусость членов магистрата.

В Праге появились оппозиционно настроенные шляхтичи, которые в течение нескольких недель смогли организовать сопротивление знати. Король Фердинанд I решил примерно наказать города и некоторых шляхтичей в назидание остальным.

Пражане не препятствовали тому, чтобы ландскнехты Фердинанда, нанятые им у саксонских князей, заняли Град (1 июня 1547г), но на вступление королевских ландскнехтов на Малую Страну (2 июня) ответили стихийным вооруженным выступлением. Король не надеялся на то, что сможет покорить Прагу с помощью военной силы. Он попытался склонить пражан к капитуляции путем дипломатических переговоров. Агенты короля оказывали давление на членов пражской ратуши, чтобы те успокоили народ и приняли предложение явиться на королевский суд. Дипломатическое давление оказалось успешным. Приговор короля имел катастрофические последствия для города. Пражские города лишались всех привилегий и всего общественного имущества, а также привилегий цехов и их имущества, они должны были сделать королю оружие, выставить десятки заложников, смириться с тем, что впредь городское самоуправление будет находиться под надзором назначаемых королем начальников и старост.

Хотя часть городских привилегий была постепенно возвращена и города сохранили главенствующее положение, катастрофа 1547 года означала конец политической самостоятельности городов. Пражане не могли под пристальным контролем королевских служащих проводить политику, которая расходилась бы с интересами короля и знати. Городскому самоуправлению был нанесен серьезный материальный ущерб. Прага на длительное время была обречена на политическую беспомощность.

Оппозиционное настроение чешской знати, разумеется, не способствовало росту симпатий Фердинанда I к Праге. Тем не менее своего сына эрцгерцога Фердинанда он назначил чешским наместником с довольно большими полномочиями. Габсбургский принц должен был следить за возможными волнениями среди чешской знати и удерживать их оппозиционные настроения в соответствующих рамках. Прага вновь на длительное время стала столицей, хотя и имевшей второстепенное значение. Эрцгерцог Фердинанд и его жена Филиппина Велсер содержали в Праге большой двор. А сама Прага, несмотря на известную политическую пассивность, была центром интенсивной общественной жизни.

Несмотря ни на что, Прага быстро возрождалась, интенсивно развивалась торговля. Прирост населения в Праге, как и в других современных городах, зависел от притока переселенцев, а до начала тридцатилетней войны этот приток был чрезвычайно интенсивным, особенно в последние два десятилетия XVI века. Особенно большим число переселенцев было среди средних слоев горожан. Активизация миграции привела к усилению чужеродных элементов в городском населении, которое до середины XVI века было чисто чешским.

По мере развития Праги увеличивался и круг стран, из которых прибывали переселенцы: торговцы и ремесленники из Нидерландов, Франции, Италии, Германии и других европейских государств. Переселенцы-итальянцы были католиками, и пражские иезуиты видели в этом возможность для расширения числа католиков в Чехии. В 1560 году в Праге было уже столько итальянцев, что они смогли основать свою национальную организацию по взаимопомощи, так называемую Итальянскую конгрегацию, которая в 1602 году создала на Малой Стране собственную больницу. Число переселенцев из Германии было еще большим. Их количество в начале XVII века приближалось к нескольким тысячам, к ним относились и некоторые знатные и богатые пражские торговцы. Еще в первой половине XVI века было обычным явлением, что семья переселенца, который стал пражским горожанином, ничем не отличалась от чешской. В конце XVI века таких примеров было уже мало. Несмотря на это, Прага оставалась преимущественно чешским городом, хотя и с тенденцией к усилению многонационального состава городского населения. Ярче всего это выразилось в Малой Стране, где число переселенцев было гораздо выше, чем в остальных пражских городах.