В послевоенные годы усилилась внутренняя оппозиция режиму Сиада Барре. В 1988–1990, когда Сомалийское национальное движение (СНД) укрепило свои позиции на севере страны, в ходе репрессий правительственными войсками были убиты ок. 5 тыс. представителей племенной группы иса. В то же время ок. 350 тыс. сомалийцев нашли убежище на территории соседней Эфиопии, а Харгейса была превращена в развалины. В 1989 резко сократился объем иностранной помощи Сомали.

В 1991 вооруженные отряды Объединенного конгресса Сомали (ОКС) и Сомалийского патриотического движения (СПД) вытеснили лояльные Сиаду Барре войска из центральных районов страны. В целом в ходе гражданской войны погибли ок. 8 тыс. человек, и многие сомалийцы пополнили ряды беженцев. После захвата Могадишо ОКС назначил временным президентом страны Али Махди Мухаммеда и обратился к другим группировкам с предложением сформировать новое правительство. СНД отказалось участвовать в конференции, где должен был обсуждаться вопрос о новом руководстве Сомали, и объявило о создании независимой Республики Сомалиленд на севере страны во главе с президентом Абдурахманом Ахмедом Али, лидером СНД.

Межклановые противоречия, обострившиеся в начале 1991, усилились к ноябрю, когда председатель ОКС генерал Мухаммед Фарах Айдид, который принадлежал к племенной группе хабар гедир, части клана хавийя, предпринял попытку сместить президента Али Махди, который относился к племенной группе абгалс, тоже входившей в клан хавийя. К декабрю в ходе ожесточенных столкновений были убиты ок. 4 тыс. человек, преимущественно из числа гражданского населения, по крайней мере 20 тыс. человек получили ранения, а Могадишо был почти полностью разрушен.

Об интенсивности боевых операций свидетельствует тот факт, что транспорт с гуманитарной помощью для лагерей беженцев в сельской местности не смог добраться до пунктов назначения, и многие беженцы погибли от болезней. Соглашение о перемирии, достигнутое при посредничестве ООН в марте 1992, постоянно нарушалось. В мае в Сомали прибыл специальный представитель ООН Мухаммед Сахнун, а в сентябре – контингент миротворческих сил ООН численностью 500 человек. Объем продовольствия, воды, семян и медикаментов, предоставленных в виде помощи, был явно недостаточен, чтобы предотвратить гибель сотен тысяч людей. Мухаммед Сахнун выступил с открытой критикой бюрократов в стенах ООН, после чего был вынужден уйти в отставку.

В конце года руководство ООН согласилось на предложение президента США Джорджа Буша о поэтапном вводе войск на территорию Сомали. Прибывший к январю 1993 контингент американских войск численностью 28 тыс. человек приступил к охране портовых сооружений, аэропортов, автомобильных дорог и пунктов по распределению продовольствия. Несмотря на очередную договоренность о перемирии, вооруженные столкновения не прекращались, и порой военнослужащие войск ООН и США были вынуждены противостоять боевикам из разных кланов.

Стремясь восстановить порядок и обеспечить нормальную процедуру распределения продовольственной помощи иностранные патрули все больше вовлекались в сложные перипетии внутриполитической борьбы в Сомали. Вслед за договоренностью о разоружении вооруженных отрядов и создании переходного правительства, достигнутой представителями 15 сомалийских группировок (за исключением Сомалиленда), США сократили численность своего военного контингента до нескольких тысяч человек и в мае передали ООН командование многонациональными силами, действующими в Сомали.