1 июля 1962 была провозглашена независимость Королевства Бурунди с парламентской системой правления. После провозглашения независимости мвами (король) Мвамбутса IV и представляющая большинство населения партия Союз за национальный прогресс (УПРОНА) сформировали авторитарное правительство, которое запретило оппозиционную Христианско-демократическую партию (ХДП), а в 1963 приказало казнить ее руководителей. Однако вскоре возникли разногласия и в самой правящей партии. Часть лидеров хуту выступали за проведение в стране реформ и за политический союз с Руандой и Бельгией, а шовинистически настроенные тутси были против предоставления хуту равных с ними прав.

На парламентских выборах 1965 УПРОНА завоевала 24 места в Национальном собрании (из них 11 отошли к кандидатам-хуту и 10 – к тутси), новая, созданная хуту радикальная Народная партия получила 10 мест, и 2 места достались независимым кандидатам-хуту. Таким образом, хуту впервые получили большинство голосов в парламенте. После того как мвами Мвамбутса отказался утвердить правительство парламентского большинства, в октябре 1965 хуту предприняли неудачную попытку военного переворота. Вслед за этим все лидеры хуту были арестованы и расстреляны. Как только об этом стало известно, начались серьезные столкновения между тутси и хуту, однако армия подавила выступления хуту.

Далее произошли серьезные разногласия среди руководителей тутси. 8 июля 1966 мвами Мвамбутса был свергнут своим сыном Шарлем Ндизийе, который пользовался поддержкой армии во главе с полковником Мишелем Мичомберо. Последний стал премьер-министром нового правительства, сформированного из молодых офицеров и представителей интеллигенции (среди которых были двое хуту). 1 сентября 1966 Шарль был провозглашен мвами под именем Нтаре V. В ноябре того же года полковник Мичомберо сверг нового короля и провозгласил Бурунди республикой, президентом которой стал он сам. УПРОНА была объявлена единственной узаконенной партией.

В начале 1972 группа монархистов тутси и недовольных режимом хуту, выступавших за восстановление на троне Нтаре V, предприняла неудачную попытку свержения правительства полковника Мичомберо. Во время подавления мятежа был убит бывший король, после чего начались массовые убийства. В вооруженных столкновениях погибли по крайней мере 80 тыс., а вполне вероятно – 200 тыс. человек. Большинство среди них составляли образованные хуту. Многие хуту бежали из страны, в 1978 только на территории Танзании жили 120 тыс. беженцев хуту. В то же время в Бурунди находились ок. 50 тыс. беженцев тутси из соседней Руанды, где в 1960-е годы составлявшие большинство населения хуту сумели положить конец господству тутси.

В 1974 вступила в силу новая конституция страны. Президентом Бурунди остался Мичомберо. В ноябре 1976 его правительство было свергнуто в результате государственного переворота, который возглавил Жан-Батист Багаза, руководитель Верховного революционного совета.

Правительство Багазы предприняло шаги по диверсификации сельскохозяйственного производства, основной отрасли экономики Бурунди, и повышению его эффективности, а также пыталось урегулировать взаимоотношения тутси и хуту. С целью уменьшения зависимости страны от экспорта кофе, главного источника иностранной валюты и поступлений в государственный бюджет, правительство приняло меры по стимулированию выращивания других товарных культур – чая, масличной пальмы и сахарного тростника. По указанию правительства были разработаны планы по сооружению гидроэлектростанций, расширению ирригационной системы и добыче полезных ископаемых в бассейне р.Кагеры. В определенной степени все программы экономического развития были направлены на улучшение условий жизни хуту.

В 1980 был провозглашен возврат страны к гражданской системе правления, а в 1981 принята новая конституция. В ней содержалось положение о том, что кандидатом на пост президента Бурунди может быть только лидер УПРОНА, единственной легальной политической партии страны. В 1982 состоялись парламентские выборы. На президентских выборах 1984 был вновь избран Багаза, получивший 99,66% голосов. Багаза предпринял ряд шагов против духовенства, в частности, ограничил привилегии католических церковных иерархов, которыми они пользовались еще с колониальных времен.