В историческое время главными претендентами на контроль над Западной Сахарой были берберские племена группы санхаджа под руководством династии Альморавидов, арабское племя макиль, Алауитская династия правителей Марокко, сахарское племя регейбат, испанские и французские колонизаторы, а в последнее время Народный фронт освобождения Сегиет эль-Хамра и Рио-де-Оро.

Расцвет политической жизни народов Западной Сахары пришелся на 11 в., когда берберы из пустынного района Сегиет-аль-Хамра основали династию Альморавидов (1056–1146). Представители берберских племен из групп санхаджа и лемтуна, подобно своему предводителю Юсуфу ибн Ташфину, имели обычай закрывать нижнюю часть лица покрывалом (лисам). В силу этого их называли также аль-муталассимун (закутанные), но более известны они были под названием аль-мурабитун (люди из крепости). Искаженная форма этого понятия перешла в испанский и другие европейские языки для обозначения самой династии Альморавидов.

При Юсуфе ибн Ташфине владения этой династии простирались на востоке до Алжира, а на севере включали мусульманскую Испанию, где в 1086 в битве при Заллаке близ города Бадахоса Ибн Ташфин разгромил войска короля Альфонса VI Кастильского. Двоюродный брат Ибн Ташфина – Абу Бакр ибн Умар аль-Лемтуни основал в 1070 Марракеш, а затем, вторгшись на территорию Западного Судана, возглавил экспансию Альморавидов в южном направлении.

На завершающем этапе правления Альморавидов (ок. 1122) территория западной части Сахары вышла из-под контроля династии. Преемник Альморавидов в северной части Африки, основатель династии Альмохадов Абдаллах ибн Тумарт был уроженцем расположенного на юге Марокко района Сус. Всю свою энергию Альмохады направляли на сохранение власти в Северной Африке и южной Испании, поэтому Западная Сахара в 12 в. ими почти не контролировалась. Берберские династии Маринидов (1269–1465) и Ваттасидов (1465–1553) потерпели ряд поражений от испанцев и португальцев и больше были заняты устранением внутренней угрозы своему правлению.

К этому периоду относится усиление соперничества между Испанией и Португалией за контроль над северо-западным побережьем Африки. Так, испанцы захватили Канарские о-ва (1483–1496), крепость Санта-Крус-де-Мар-Пекенья на атлантическом побережье Сахары (ок. 1476), а португальцы – о.Арген в пограничном районе Западной Сахары и Мавритании (ок. 1448). Примерно до 1497 испанцы совершали набеги на территорию Западной Сахары с целью захвата рабов и использовали город Санта-Крус-де-Мар-Пекенья в качестве опорного пункта в торговых операциях с населением Сахары. Это продолжалось до тех пор, пока возродившаяся практика работорговли не привела к священной войне (джихаду) местного масштаба и захвату испанских укреплений (ок. 1524). До аннексии голландцами о.Арген в 1638 португальцы использовали его в качестве центра работорговли.

Когда выдающийся султан из династии Саадидов Ахмад аль-Мансур (1578–1603) распространил свою власть на Сахару, в ходе дальнейшего завоевания Томбукту и государства Сонгай его войска использовали главные караванные маршруты, которые пролегали от долин южномарокканских рек Дра и Зиз через оазис Туа (территория совр. Алжира) к излучине р.Нигер. Однако власть марокканцев оказалась непрочной, и спустя несколько десятилетий после смерти Ахмада аль-Мансура Западная Сахара вышла из подчинения Саадидам.

Во главе династии Алауитов в Марокко, возникшей ок. 1649, стоял Мулай Исмаил (1672–1727), честолюбивый и жестокий правитель, который создал мощный военный и административный аппарат. На какое-то время ему удалось восстановить власть Марокко над Сахарой. Как и его сводный брат Мулай Рашид (1664–1672), трон которого он унаследовал, Мулай Исмаил заключил соглашение с арабами племени макиль, которые заняли командные посты в марокканской армии. С их помощью Мулай Исмаил сумел остановить наступление Османов в Алжире, сохранить контроль над оазисом Туат, который находился под властью династии Алауитов с 1645, и захватить соляные копи в Тагазе (ок. 1694).

В 1724 султан Марокко помог эмиру Трарзы Али Шандоре (правителю юго-восточной части Мавритании) противостоять проникновению французов, которые вместе с эмиром Бракны составляли конкуренцию в торговле гуммиарабиком. При этом Мулай Исмаил не задействовал собственную армию, а обратился за помощью к воинам племени текна. Но продвижение армии к югу, противодействие враждебных Исмаилу племен (в частности, улад-бу-сбаа) и населения Сахары вкупе с соперничеством за право вести торговлю с европейцами приводили к конфликтам между различными арабскими и берберскими племенами.

В горниле этих конфликтов шел процесс формирования сахравийского общества. Влияние султанов-Алауитов в Сахаре было непродолжительным и свелось на нет после смерти Мулая Исмаила. За этим последовал тридцатилетний период внутренних вооруженных распрей (1727–1757) и временное ослабление алауитского государства.

В 1765 султан Марокко Мухаммед ибн Абдаллах превратил Могадор (Эс-Сувейра) в королевский порт и тем самым поставил под угрозу торговлю народов Сахары, связанную с морским портом Агадир. После того как над портами Масса и Агадир нависла угроза, южные племена перенесли торговлю в торговый город Гулимин, ближе к границе с современной Западной Сахарой. Король Испании Карлос III обращался к султану Марокко с просьбой разрешить создание испанской рыболовной базы на побережье Атлантического океана напротив Канарских о-вов.

В середине 19 в. территория Сахары от долины р.Сус (совр. Марокко) до мыса Бохадор (совр. Западная Африка) находилась под экономическим, политическим и религиозным контролем властей, формально связанных с марокканскими султанами Алауитами. Религиозное главенство султана Мулай Хасана I (1873–1894) признавалось местными духовными лидерами и крупными торговыми домами Бейрука и Иллига.

Однако они не желали признавать юридическую и политическую власть Марокко, султан которого стремился через порт Эс-Сувейра взять под свой контроль всю систему торговли Сахары. Торговые семьи Бейрук (племя текна), Ма аль-Айнин и торговый дом Иллиг были заинтересованы в транссахарской и нарождающейся прибрежной торговле. Торговая династия Бейрук из Гулимина поддерживала деловые связи с торговым домом Теджеканнет в городе Тиндуф и английским торговцем Дональдом Маккензи, создавшим торговый дом в городе Тарфая, а до 1874 с испанскими купцами Франсиско Пуйана и Якобом Бутлером, пока их торговое дело не выкупил Хабиб Бен Бейрук.