До появления европейцев на территории восточного Парагвая обитало несколько индейских племен, имевших общий язык и известных под общим наименованием гуарани. Хотя гуарани и не достигли столь высокого уровня развития, как инки или майя, они возделывали землю и жили в больших деревянных домах, обнесенных частоколом, что резко отличало их от кочевых племен, населявших Чако или Амазонию.

Колониальная эпоха в истории Парагвая делится на два основных периода: развитие городского поселения Асунсьон, основанного в 1537, и период деятельности иезуитских миссионеров во внутренней части страны. Город Асунсьон быстро рос и превосходил по значению Буэнос-Айрес до тех пор, пока последний не освободился от испанской зависимости.

В 1609 Филипп III Испанский по настоянию испанского губернатора колонии обратился к ордену иезуитов с просьбой послать группу священников для христианизации и просвещения индейцев, которых обращали в рабство и убивали паулисты (португальские переселенцы – жители Сан-Паулу в Бразилии), проникавшие во время своих набегов все дальше на юг, на территорию Парагвая. Сами католические священники сильно страдали от разбойничьих нападений колонистов, направлявшихся из Перу, и им удалось убедить индейцев оставить свои дома и обосноваться на вновь расчищаемых землях на юго-востоке Парагвая.

На этих новых территориях были построены величественные церкви и созданы крупные земледельческие хозяйства – «редукции». Эти колонии, состоявшие из обращенных в христианство индейцев и насчитывавшие не менее 100 тыс. человек, находились под контролем миссионеров. Однако у колониальных властей со временем возникло подозрение, перешедшее в уверенность, что иезуиты создают свое собственное государство, и в 1767 гуарани были изгнаны из Южной Америки. Индейцы вскоре вернулись к своему привычному образу жизни.

Когда в 1810 Буэнос-Айрес провозгласил независимость от Испании и предпринял попытку завоевания Асунсьона, жители этого города поддержали испанского губернатора, дав отпор военной экспедиции из Буэнос-Айреса. Однако 14 мая 1811 парагвайцы убедили губернатора сложить свои полномочия и провозгласили независимость. В 1816 Национальный конгресс и правящая хунта предоставили одному из членов этой хунты, а именно Хосе Гаспару Родригесу де Франсии, неограниченную власть.

Его авторитарное правление продолжалось до самой его смерти в 1840. Он постарался изолировать Парагвай от внешнего мира, поощрял развитие местной промышленности, налаживал дружеские отношения с индейцами и преследовал иностранцев. Преемник Франсии, Карлос Антонио Лопес, до самой своей смерти в 1862 правил как деспот. Однако во время правления его сына, Франсиско Солано Лопеса, страна оказалась втянутой в войну.

Франсиско Солано Лопес, получивший образование во Франции и пытавшийся подражать Наполеону, начал формирование и обучение самой крупной армии в Южной Америке; вскоре он оказался в состоянии войны с Бразилией из-за вмешательства последней в дела Уругвая, которого Лопес считал своим союзником. Однако Уругвай, как и Аргентина, вскоре оказался втянутым в войну «Тройственного союза», или Парагвайскую войну (1864–1870). Война закончилась смертью Лопеса и почти полным опустошением Парагвая. Из 1,3 млн. жителей Парагвая уцелело около 200 тыс., из них мужчин – 20 тыс. Опустевшие земли не привлекли иммигрантов.

С 1870 по 1932 в Парагвае сменилось 33 правительства. Постепенно экономика страны была частично восстановлена. Однако значительная часть земель оказалась в руках аргентинских владельцев. К руководству страной стали приходить образованные люди, сменившие военных. К числу самых способных президентов страны этого периода относятся генерал Бернардино Кабальеро, основатель партии «Колорадо» (1880–1886); Сесилио Баэс, основавший Либеральную партию и отстаивавший демократическое правительство (1905–1906); наконец, Мануэль Гондра (1910–1911, 1920–1921).

После 2-й Тихоокеанской войны (1879–1883), в ходе которой Чили одержало победу над Перу и Боливией, последняя лишилась доступа к Тихому океану. В поисках альтернативного выхода Боливия обратила внимание на область Чако, холмистую полупустыню, находившуюся между территорией Боливии и заселенной частью Парагвая и предположительно обладавшую запасами нефти. Как Парагвай, так и Боливия имели в пределах Чако отдельные поселения, однако четкой границы, с которой согласились бы обе страны, проведено не было. Уже в 1928 начались пограничные конфликты, а в 1932 была объявлена война. Военные успехи парагвайской армии, заставившей боливийцев отступить к подножью Анд, вынудили Боливию признать права Парагвая на бóльшую часть спорной территории. В 1938 в Буэнос-Айресе был подписан мирный договор, по которому Боливия все же получила доступ к р.Парагвай.

Победа Парагвая в этой войне способствовала усилению роли военных во внутренней политике. В феврале 1936 герой Чакской войны полковник Рафаэль Франко положил конец робким попыткам Либеральной партии осуществить переход к демократическому режиму. Идеологическую основу непродолжительного правления Франко составляла смесь националистических и социалистических идей. В августе 1937 произошел переворот, свергнувший Франко, и к власти ненадолго пришли либералы. В 1939 президентом был избран командующий вооруженными силами Парагвая в Чакской войне генерал Хосе Феликс Эстигаррибия, однако уже в следующем году он сам осуществил переворот и изменил конституцию. Вскоре он погиб в результате авиакатастрофы. Его преемник генерал Ихинио Мориниго установил жесткий авторитарный режим и повысил роль государства в экономике.

В 1947 разразилась гражданская война, в ходе которой Мориниго и его союзники, принадлежавшие к партии «Колорадо», разгромили своих противников – либералов. Проведенная после этого чистка вооруженных сил устранила из армии всех офицеров, не принадлежавших к партии «Колорадо». Однако внутри партии происходила борьба между отдельными фракциями, что, в частности, нашло отражение в смене шести президентов в период между 1948 и 1954.