Эта семья подразделяется на три подсемьи, самой большой из которых является койсанская, распространенная в ЮАР и распадающаяся в свою очередь на три группы: северную, центральную и южную. На койсанских языках говорят бушмены и готтентоты; готтентотские языки принадлежат к центральной группе койсанской семьи. Остальные две подсемьи щелкающих языков – это языки сандаве и хатса, распространенные в Танзании, т.е. значительно севернее койсанских языков.

Свое название щелкающие языки получили благодаря наличию в них своеобразных «щелкающих» звуков, используемых аналогично обычным согласным и нигде в мире, кроме Африки, не встречающихся. Артикуляционная трактовка этих согласных дискуссионна, часто их описывали как имплозивные, т.е. произносимые на вдохе; ныне считается, что они произносятся за счет сосательных движений практически без участия легких, в связи с чем их выделяют в особую группу «недыхательных» согласных, противопоставленных всем остальным, как обычным эксплозивным, так и более редким имплозивным. Кроме языков данной семьи, эти звуки встречаются лишь в некоторых языках банту, являясь там заимствованием из койсанских языков. В сандаве и некоторых центрально-койсанских (в том числе готтентотских) языках имеется категория грамматического рода.

Другие африканские языки

Помимо вышеописанных четырех семей, на африканском континенте представлены еще языки острова Мадагаскар, принадлежащие к австронезийской семье и сильно отличающиеся от материковых африканских языков, а также мероитский язык, на котором некогда говорили в районе слияния Белого и Голубого Нила и на котором имелась письменность, основанная на древнеегипетских иероглифах; при нынешнем состоянии знаний мероитский не удается генетически связать ни с каким другим языком.