В октябре 1804 Дессалин объявил себя императором Жаком I. Он создал сильную армию, составляющую одну десятую всего населения, организовал массовую резню белых и объявил всех жителей Гаити неграми. Конституция 1805 подтвердила отмену рабства и запретила белым иностранцам иметь недвижимость на территории Гаити. Часть земель была передана бывшим рабам, что вызвало недовольство бывших повстанческих военачальников, превратившихся теперь в феодалов-плантаторов.

В октябре 1806 они подняли мятеж и провозгласили временным президентом генерала-негра Анри Кристофа. Дессалин был убит заговорщиками. В декабре Конституционная ассамблея избрала Кристофа президентом, но тот отказался принять ограничение его власти, установленное мулатской верхушкой. В начале 1807 Кристоф был вынужден отступить на север страны, а ассамблея в Порт-о-Пренсе избрала президентом Республики Гаити генерала-мулата Александра Петиона. Государство раскололось надвое.

Под контролем Кристофа остались север и долина Артибонит. В 1811 он провозгласил себя королем Анри I. В его государстве был создан негритянский дворянский класс, владевший поместьями, где работники подвергались суровой эксплуатации, основаны школы, создана дисциплинированная армия, построены военные укрепления, получила развитие торговля. В Республике Гаити, объединявшей юг и запад страны, президент Петион предпринял ряд мер, которые должны были ускорить развитие экономики: отменил государственный налог в размере одной трети урожая, раздал государственные земли мелким землевладельцам, дав толчок подъему крестьянских хозяйств.

Но при этом он вернул землю мулатам, владевшим ею при колониальном владычестве. В 1811 и 1815 Петион был переизбран президентом, а в 1816 провозгласил конституцию, которая вводила пожизненное президентство с правом назначать себе преемника. Правитель Республики Гаити поддерживал борьбу за независимость Латинской Америки против Испании, направил добровольцев на помощь Боливару.

В 1810 попытку свергнуть Петиона предпринял другой мулатский лидер – генерал Риго. В феврале 1811 он объявил об отделении от республики ее Южного департамента, но уже в сентябре внезапно умер. А в 1818 умер и Петион. Когда тяжело больной Кристоф покончил с собой в 1820, Буайе захватил его владения, а в 1822 сумел присоединить восток острова – Санто-Доминго и стал правителем всего Гаити.

Президент Буайе диктаторски управлял Гаити до 1843. В 1825 он добился от Франции признания независимости острова, но под давлением французского флота обязался в обмен выплатить компенсацию за конфискованную собственность плантаторов. Уплата такой суммы была непосильным бременем для Гаити, Буайе пошел на взятие займов у французских банкиров и введение мер жесткой экономии, которые, правда, не распространялись на его огромную армию. Любое инакомыслие жестоко подавлялось. Католическая религия была объявлена государственной.

В 1826 Буайе издал аграрный кодекс, поощряя хозяйство местных плантаторов. Положение в стране стало невыносимым после разрушительного землетрясения 1842. В 1843 вспыхнуло восстание, президент-диктатор вынужден был подать в отставку и покинуть страну. Сменивший его майор Шарль Эрар (1843–1844) не мог справиться с ситуацией. В феврале 1844 восток острова откололся и провозгласил себя независимой Доминиканской Республикой. На юге вспыхнуло крестьянское восстание; восставшие создали «Королевство Ла-От», продержавшееся до 1848.

После четырехлетней «президентской чехарды» президентом в 1847 был избран генерал Фостен Эли Сулук. Опираясь на тайную полицию, он объявил себя императором (1849), щедро раздавал титулы, безудержно тратил государственные средства и преследовал мулатов. Провал его походов против Доминиканской Республики и нищета населения способствовали нарастанию недовольства. В 1859 империя Сулука пала.

Свергнувший ее генерал Никола Фабр-Жефрар (1859–1867) пытался принять меры, чтобы вывести страну из кризиса. Он способствовал развитию земледелия и организации промышленных предприятий, привлекал иностранные капиталовложения, основал медицинский, морской и художественный колледжи. Но его обвиняли в коррупции, и в 1867 свергли. В стране наступил хаос: президенты часто сменялись, заговоры следовали один за другим, в департаментах вспыхивали сепаратистские восстания. К берегам острова подходили иностранные военные суда (испанские в 1861, немецкие в 1872), требуя уплаты огромных денежных сумм в порядке компенсации за «моральный» ущерб или уничтоженную собственность.

Генерал Этьен Фелисите Саломон, установивший более прочную диктатуру (1879–1888), провел некоторые реформы, стимулировавшие экономическое развитие, погасил внешний государственный долг и улучшил систему образования. Но повсеместная коррупция приобрела при нем почти узаконенные масштабы. После его падения страна вновь была ввергнута в кризис. США способствовали избранию президентом генерала Флорвиля Ипполита (1889–1896), получив от него обещание сдать американцам в аренду порт Моль.

План был сорван бурными протестами. Президенту-генералу Р.Симон Сану (1896–1902) пришлось столкнуться с новой угрозой: в 1897 германские военные корабли принудили его уплатить 20 тыс. долларов в качестве компенсации за арест немецкого торговца. Американские военные корабли в 1847–1915 не менее 20 раз появлялись в порту Порт-о-Пренса под предлогом «поддержания порядка».

Экономическое положение Гаити еще более ухудшилось в начале 20 в., когда власти выпустили быстро обесценившиеся бумажные деньги и огромные внутренние займы. Страну захлестнула инфляция. Все более активно вмешивались во внутреннюю ситуацию США, на долю которых уже в 1890 приходилось 36% гаитянской торговли. В последующие десятилетия железные дороги и банковская система страны все больше попадали под контроль американских компаний. Правительство Гаити оказывалось не в состоянии платить по внешним долгам.