До установления власти французов в конце 19 в. история Нигера включала миграции племен, конфликты между пришельцами и коренным населением, возвышение и упадок государственных образований и соперничество между ними. В 11 в. в районе плато Аир расселились туареги, скотоводы-кочевники берберского происхождения, пришедшие из Северной Африки. Они ассимилировали часть земледельцев-хауса, живших тогда в наиболее возвышенных районах плато, а остальных вытеснили на юг на территорию, расположенную между современными городами Тахуа и Зиндер.

Начиная с 14 в. хауса создавали на территории южного Нигера свои города-государства. Образованная туарегами конфедерация (султанат Аир) была довольно аморфной, но один из его правителей, Юсуф, основал город Агадес, который в 1430 стал столицей Аира (отсюда пошло название «султанат Агадес»). В 16 в. армия государства Сонгай (с центром в Гао) захватила обширные районы западного и центрального Нигера, включая султанат Агадес. Агадес процветал благодаря тому, что там пересекались караванные пути, соединявшие столицу Сонгая город Гао на р.Нигер с Триполитанией и Египтом.

После завоевания Сонгая марокканскими войсками в 1591 контроль над частью района Аир и земель хауса на юго-востоке, включая Зиндер, установило государство Борну со столицей в Нгазаргаму (на территории современной Нигерии). Другим хауса, которые создали города-государства Гобир, Кацину и Дауру и выстояли под натиском государств Сонгай и Кебби, удалось сохранить независимость, хотя и весьма непрочную. Частые междоусобицы и столкновения с другими хаусанскими государствами не помешали процветанию этих городов-государств благодаря развитому сельскому хозяйству и ремеслам, а также участию в транссахарской торговле.

В начале 17 в. много переселенцев джерма из государства Сонгай обосновались восточнее р.Нигер и стали оседлыми земледельцами. Одновременно на территории Нигера появилась новая волна туарегов, которые двигались в южном направлении к р.Нигер. Другие группы туарегов восстановили в 18 в. свою независимость и перемещались на запад с целью набегов на земли бывшего государства Сонгай. В начале 19 в. хаусанские земли и западная часть Борну стали ареной священной войны джихад, которую возглавил мусульманский богослов и реформатор Осман дан Фодио, фульбе по этнической принадлежности. Ему удалось установить власть фульбе на большей части Северной Нигерии и в южных районах Нигера. Государство Борну, возродившееся под руководством мусульманского проповедника и полководца аль-Канеми, отразило натиск фульбе и контролировало юго-восточную часть Нигера до появления там в конце 19 в. суданского завоевателя Раббаха.

Когда в 19 в. в Нигере появились первые европейские путешественники, они застали этот край в состоянии полной анархии и увидели распадающиеся государственные образования и небольшие изолированные поселения, жители которых не могли защититься от агрессивных воинственных соседей. В 1806 вниз по р.Нигер спустился шотландский путешественник Мунго Парк, а в 1822 шотландец Хью Клаппертон с англичанином Диксоном Денемом направились из Триполи через Сахару и достигли оз.Чад. В 1853–1855 немецкий исследователь Генрих Барт, находившийся на британской службе, прошел со своей экспедицией от р.Нигер до оз.Чад. В 1870 другой немецкий исследователь, Густав Нахтигаль, пересек территорию Сахары от оазиса Бильма до Нгигми близ оз.Чад. Хотя среди этих исследователей не было французов, на международной Берлинской конференции 1884–1885 по вопросам раздела Африки район верхнего течения р.Нигер был объявлен зоной интересов Франции.

В 1890 представители Великобритании и Франции пришли к соглашению об установлении демаркационной линии между зонами интересов Великобритании и Франции, которая проходила от города Сай на р.Нигер до Гаруа на оз.Чад. В 1898 и 1904 эта граница была уточнена с учетом результатов новых исследований и «фактической оккупации». В 1891–1892 подполковник П.Л.Монтей по поручению правительства Франции обследовал территорию данного района, в результате чего после 1897 между р.Нигер и оз.Чад был создан ряд французских военных постов. Из-за упорного сопротивления туарегов французской колониальной экспансии Агадес был захвачен лишь в 1904. Туареги не смирились с потерей независимости и во время Первой мировой войны подняли восстание против французских властей, которое было подавлено после войны, однако французы еще долго не могли наладить эффективный контроль над кочевниками туарегами. Кроме того, французы столкнулись с ожесточенным сопротивлением кочевников тубу в восточной части Нигера, которое удалось сломить только в 1922.

В 1900 была создана «военная автономная территория Зиндера» (в 1910 преобразована в «военную территорию Нигер»), которая была включена в колонию Верхний Сенегал – Нигер, входившую в состав Французской Западной Африки (ФЗА). В 1922 территория Нигера была выделена в отдельную колонию в составе ФЗА. В 1926 административный центр колонии был перенесен из Зиндера в Ниамей.