До начала 16 в. территория Гондураса носила название Игуэрас или Ибуэрас. Часть коренного индейского населения — племена ленка, пайя, хикаке (языковой группы пайя) жили первобытнообщинным строем, их основное занятие — подсечно-огневое земледелие, охота, рыболовство; другая часть населения — индейцы майя были создателями одной из самых высоких раннеклассовых цивилизаций Америки. Они возделывали кукурузу, знали ремёсла, каменное зодчество, имели письменность. На территории Гондураса находился один из крупных центров культуры майя — г. Копан.

Побережье Гондураса было открыто Х. Колумбом в 1502 году. Испанцы назвали страну "Гондурас", что означает по-испански "глубины"; как отмечено в судовом журнале Колумба, его суда никак не могли встать на якорь у берега из-за больших глубин. После покорения Мексики Эрнан Кортес отправил сюда в 1524 отряд под началом Кристобаля де Олида для исследования и колонизации этой территории; в том же году Олид основал там первое поселение, Триумфо-де-ла-Крус. Обнаружив месторождения серебра, Олид решил отделиться; узнав об этом, Кортес отправился форсированным маршем из Мехико через джунгли и болота вдоль побережья Мексиканского залива, пересек основание п-ова Юкатан и достиг Гондураса в 1525. Олид к тому времени уже был убит.

Кортес основал несколько поселений, однако завоеватели столкнулись с ожесточенным сопротивлением индейцев под командованием вождя Лемпиры. В 1536 году индейцы во главе с вождём Лемпирой развернули борьбу против колонизаторов, но она не увенчалась успехом. Лемпира был предательски убит, его отряд разгромлен. В 1539 году Гондурас вошёл в состав генерал-капитанства Гватемала - в нем было две провинции: Тегусигальпа и Комаягуа, каждая из которых управлялась губернатором. В Гондурасе начало складываться крупное феодальное землевладение испанских помещиков, однако основой экономики являлась добыча серебра. Главные рудники находились в районе Тегусигальпы. Индейское население истреблялось, вымирало от непосильного труда на плантациях, в золотых и серебряных копях. Индейские восстания жестоко подавлялись. Испанцы ввозили в Гондурас негров-рабов из Африки.

В начале 19 в. Гондурас участвовал в освободительном движении испанских колоний и 15 сентября 1821 года провозгласил свою независимость от Испании. В этот период в Гондурасе начали складываться политические партии — консерваторов (партия крупных землевладельцев) и либералов (партия зарождавшейся буржуазии), между которыми развернулась борьба. Консерваторам удалось добиться присоединения Гондураса к Мексике (1821 г.). В 1823 году Гондурас вошёл в состав федерации Соединённые провинции Центральной Америки. Однако и в федерации продолжалась борьба между либералами, выступавшими за федералистскую форму правления, уничтожение привилегий духовенства и осуществление земельной реформы, и консерваторами, отстаивавшими сохранение привилегий церкви и военщины и создание централизованного государства.

Непрекращавшиеся войны привели к распаду федерации. В 1825 сальвадорский либерал Мануэль Хосе Арсе был избран первым президентом Федерации Центральной Америки, однако в следующем году он отрекся от своей партии, приняв ряд мер, которые привели к возвращению к власти консерваторов и фактической отмене либеральной конституции. В последовавшей за этим гражданской войне важную роль сыграл выдающийся уроженец Гондураса либерал Франсиско Морасан, ставший национальным героем. В 1829 армия под его командованием одержала победу над армией Арсе и заняла г. Гватемалу; федеральная конституция была восстановлена, и в 1830 Морасан был избран президентом. Хотя Морасан бесспорно был способным руководителем, он излишне торопился с либеральными реформами. Кроме того, республики, входившие в федерацию, все еще опасались претензий Гватемалы на главенство, хотя Морасан и перенес в 1832 столицу в Сан-Сальвадор. В конце концов, в 1838 республики официально объявили о своем выходе из Федерации. 26 октября 1838 года была провозглашена декларация о независимости Гондураса, а в январе 1839 года принята первая конституция Республики Гондурас.

Вскоре после создания самостоятельного государства началась экспансия в Гондурас иностранных держав, прежде всего Великобритании и США. Первая захватила несколько островов у побережья Гондураса и часть Москитового берега (1849—52 гг.). Опасаясь усиления англичан, против них выступили США, ссылаясь на договор Клейтона — Булвера (1850 г.), по которому обе страны отказывались от каких-либо захватов в Центральной Америке.

В результате Великобритании пришлось вернуть захваченные территории (1859 г.). В 1860 году, при поддержке правительства США, в Гондурас вторгся американский отряд под руководством Уокера. Однако народ Гондураса разбил захватчиков. Во 2-й половине 19 в., заполненной борьбой между Консервативной и Либеральной партиями, а также многочисленными переворотами, инспирируемыми или используемыми иностранными державами, прежде всего США, усилилось проникновение в Гондурас английского и американского капитала. В 1884 году американцы навязали Гондурасу так называемый договор Сото — Кейта, по которому Гондурас получал кабальный заём в обмен на железнодорожные концессии и земли для банановых плантаций. В связи с большим спросом на бананы на внешнем рынке американские компании расширяли свои плантации в Гондурасе, строили железные и шоссейные дороги для перевозки бананов. Промышленность и внешняя торговля Гондураса постепенно переходили в руки американских империалистов.

В 1902 году были созданы плантации американской компании "Юнайтед фрут компани" (ЮФКО), а в 1905 году — "Стандард фрут энд стимшип компани", которые бесцеремонно вмешивались в политическую жизнь Гондураса. Находясь в полной зависимости от США, Гондурас превратился в страну монокультуры. Тяжёлые условия труда на плантациях и жестокая эксплуатация сельскохозяйственных рабочих вызывали неоднократные волнения, подавлявшиеся американскими войсками (1905, 1907, 1911, 1912).