В 1939 возвращается на Кубу, где занимается музыковедением и журналистикой. В 1940-х поддерживает близкие отношения с кубинскими художниками Вифредо Ламом (1902–1982) и Рене Портокарреро (1914–1984).

В конце 1945 Карпентьер вновь эмигрирует с Кубы и обосновывается в Венесуэле, работает в рекламном агентстве, в 1946 занимает пост заведующего кафедрой истории культуры в Школе пластических искусств города Каракаса, в том же году выходит в свет монография Музыка Кубы, первое в мире исследование на данную тему.

Он пытается заново осознать свою творческую индивидуальность, отыскать новую стилистику. Много читает, в течение нескольких лет изучает сочинения хронистов, описывавших освоение Западных Индий.

В 1949 выходит в свет роман Царство земное, пролог которого можно назвать манифестом, где сформулированы эстетические каноны будущего нового латиноамериканского романа. Навсегда прощаясь с сюрреалистическим прошлым, Карпентьер проводит грань между тем, как понимали «чудесное» сюрреалисты, и тем, как понимает это он. Он называет «старой и лживой историей» рассказ о встрече на анатомическом столе зонтика и швейной машинки (образ, заимствованный из «Песен Мальдорора» Лотреамона, одного из ключевых для сюрреализма произведений). Такой мир создан по принципу циркового фокуса. Между тем «…мир чудесного лишь тогда становится безусловно подлинным, когда возникает из неожиданного преображения действительности (чудо), из обостренного постижения действительности, из необычного либо особенно выгодного освещения сокровищ, таящихся в действительности, и при этом необходимым условием является крайняя интенсивность восприятия, порождаемая той степенью экзальтации духа, которая приводит его в некое „состояние предельного напряжения"». На мысль о существовании подобного мира натолкнуло созерцание развалин дворца Полины Бонапарт, сестры французского императора, которые Карпентьер увидел на Гаити, посетив остров в 1943.

Роман охватывает исторический период с середины 18 по двадцатые годы 19 вв. и рассказывает о восстании негров-рабов, последователей религии вуду, которое они подняли против гаитянского диктатора. Одна из ключевых символических сцен романа – сцена врачевания, когда бывшего вождя восстания, короля Анри Кристофа лечит согласно древней традиции старая служанка-негритянка, разведя костер на драгоценном мраморном полу, на фоне гобелена, где изображены Венера и Вулкан.

Вышедший в 1953 роман Потерянные следы тоже имеет необычную творческую предысторию. В 1947 на самолете картографической службы Карпентьер пролетел над рекой Ориноко (репортажи об этом путешествии публиковались с 19 октября по 7 декабря того же года в газете «Эль насьональ»). Год спустя писатель предпринял новое путешествие: на автобусе он проехал из Каракаса в Эль-Тигре, а оттуда в Сьюдад-Боливар, после на пароходе плыл по Ориноко, затем исследовал участки ее притоков – рек Сипапо и Вентуари. Во время этого путешествия и возник в его сознании роман во всех мельчайших подробностях.

Книга написана от лица вымышленного героя, в форме путевых заметок. Герой ее, композитор, сын испанки и немца, работает в кино, понапрасну тратя свой талант. В романе не названы места действия, но, по всей вероятности, это Нью-Йорк, Каракас и тропики Венесуэлы. Поездка в джунгли за народными инструментами, которую предлагает герою крупный музей, переворачивает его жизнь. Поднимаясь вверх по реке, он как бы минует разные этапы истории, оставляя за спиной период завоевания Америки, средневековье, Каменный век и оказываясь в первом Дне творенья. Река – это одновременно и символ течения времени, и символ самой истории («рекой времен» называлась в 18 в. карта, на которой в виде гигантской реки была представлена схема развития человечества). По мысли автора, в Америке сосуществуют все ступени цивилизации. Разумеется, догадка героя о том, что, возможно, именно Америке придется создать симбиоз различных культур, также принадлежит автору. Оставив мир, где «на смену мифам и легендам пришли речи, на смену догмам – лозунги», герой, удаляясь от цивилизации, все более душевно очищается, он обретает себя. Но чудесный мир открывается только однажды: вернувшись на время в город, чтобы уладить дела, герой уже не может найти чудесное селение в сельве. Карпентьер трижды переписывал роман, прежде чем решил, что книга закончена.